1、如果转让人是自然人，应按照财产转让所得纳税。及按照转让价格减去股票购买原值减去购买时发生的合理费用的金额乘以20％缴纳个人所得税。

2、如果转让人是法人，按照企业会计准则确认投资收益，股本溢价部分按照企业适用的所得税率缴税。

3、在中国股市中，股权转让交易是股权出让人与受让人之间的事，交易款由B付给A（包括所谓溢价的部分）。对公司来讲，只是股东变更，不存在股权溢价的说法。

一、怎么确认股权转让溢价

股权转让是企业转让其持有的股权的行为，而这个行为给企业带来的结果就是获取股权转让所得。按照相关规定，企业股权转让所得属于转让财产所得，应以其股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后的余额为股权转让所得。

在确认股权转让所得的过程中，笔者认为需要重点关注如下三点问题：

1、允许扣除的股权成本为企业投资时实际交付的出资金额。对此《企业所得税法实施条例》中已有明确：企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。

2、股权转让收入不得扣除被投资企业留存收益中所可能分配的金额。关于投资企业享有的被投资企业留存收益的份额究竟能否在转让收入中扣除的问题，原内资、外资企业所得税法的规定并不相同。

3、非居民企业转让股权时的币种换算问题。如果非居民企业初始投资时使用外币投入资本，那么应如何确认其股权转让所得呢。国税函［2009］698号文对此明确：在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。也就是说应将转让价和成本价都换算为原投资时的币种，进而计算出股权转让所得，再换算为人民币计算应缴纳的企业所得税。

二、股权转让的印花税处理

印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。因采用在应税凭证上粘贴印花税票作为完税的标志而得名。目前，股权转让缴纳印花税主要分两种情况：

1、根据财税［2005］11号文件规定，买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按1％的税率，按照股权转让书据交纳印花税。2007年5月30日，该税率已经由1％调整为3％．

2、根据国税发［1991］155号文件规定，企业股权转让所立的书据，即除书立的A股、B股股权转让书据以外的股权转让合同，按照产权转移书据，按所载金额的万分之五缴纳印花税。织梦内容管理系统

外商投资者境内企业股权境外交易也应缴纳印花税。