一、房屋评估机构是由征收方直接指定吗

不是，是由被征收人协商选定。协商不成的具体办法由省、自治区、直辖市制定。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十条：

房地产价格评估机构由被征收人协商选定;

协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任柯单位和个人不得干预。

《国有土地上房屋征收评估办法》第四条：

房地产价格评估机构由被征牧人在规定时间内协商选定;

在规定时同内协商不成的，由房屋征收部门通过组织被征收入按照少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等随机方式确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。房地产价格评估机构不得采取迎合征收当事人不当要求、虚假宣传、恶意低收费等不正当手段承揽房屋征收评估业务。

《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第六十二条：

对被告在行政程序中采纳的鉴定结论，原告或者第三人提出证据证明有下列情形之一的，人民法院不予采纳：

(一)鉴定人不具备鉴定资格;

(二)鉴定程序严重违法;

(三)鉴定结论错误、不明确或者内容不完整。

二、房屋评估流程是什么

1、明确估价对象的基本事项，包括：

(1)弄清估价对象的实际情况，如对土地应该明确它的地籍所辖范围及其地籍号，还有其所坐落的位置.用途.面积.形状等;

对房屋，就需要明确其坐落的位置(门牌号码).结构.层数.面积.使用情况等。

(2)弄清估价对象的权利状态，如完全产权.设定有其他某项权利的不完全产权等等都必须明确。

(3)弄清估价对象价值范围，如单纯的评估土地的价值，或者单纯评估房屋的价值，或评估一幢房屋中的某个部位等等，都必须明确。

(4)弄清估价目的，由于同一房地产出于不同的估价目的，其估价结果往往不同。

所以，必须明确委托估价人请求估价的目的是什么，以区分不同性质的估价。

2、拟定估价作业方案，主要是就估价所要做的各项工作作出日程进度安排，包括对估价作业内容.作业人员.时间进度.所需经费等的安排，以便于控制进度及协调合作。

3、搜集估价所需资料;

由于估价对象和所采取的估价方法的不同，房地产估价所需的资料也不同。

一般来说，所搜集的估价资料包括：

产权资料，房屋建筑资料，市场交易资料，土地资料，法律和规划资料。

在委托房屋评估机构的时候，一般是由被征收人协商协议确定的，但是也有可能会到一些纠纷情况，到时候可以经过多数决定或者随机选定的方法来确定。