公司的法定代表人在借款协议上签字是可以的。法定代表人可以代表公司订立借款协议，并且责任和义务由公司承担，但是公司委托授权的其他工作人员也可以代表公司订立借款协议，也对公司有效。

一、公司法人的权利和义务

根据公司法规定，公司的法定代表人可以由经理、董事长或董事来担任，他们有对外代表公司从事民事法律活动、签署各种法律文件并参加诉讼的权利，但是他们要承担在授权范围内履行职务、接收监督、在某些情况下承担法律责任的义务。比如，法定代表人可以对外超越自身权限订立合同，除非对方明知或应知其没有权限的，法定代表人的行为有效，这是其权利，但是同时也要接受监督，对公司造成的损失进行赔偿，这是其义务。

二、出资人和法人的区别

二者的概念不同，股东是以出资额承担有限责任。法定代表人可以由股东出任也可以是非股东，法定代表人是公司的代表，其行为代表公司后果由公司承担。法定代表人签署的《公司变更登记申请书》(领取，公司加盖公章);《企业(公司)申请登记委托书》(领取，公司加盖公章)，应标明具体委托事项和被委托人的权限;有限责任公司变更股东提交原股东会决议(内容包括：转让双方当事人、转让标的、数额，其他股东优先受让权力的行使情况等，由股东盖章或签字(自然人股东)。

三、当公司法人有什么不好

一般来说，作为公司法定代表人，会有一定的股份和分红，除此之外，法定代表人还有以下的权利：

1、企业法定代表人在国家法律、法规以及企业章程规定的职权范围内行使职权、履行义务，代表企业法人参加民事活动，对企业的生产经营和管理全面负责，并接受本企业全体成员和有关机关的监督。

2、企业法定代表人可以委托他人代行职责。

3、企业法定代表人一般不得同时兼任另一企业法人的法定代表人。

4、企业法人的法定代表人是代表企业行使职权的签字人。

5、法定代表人的签字应向登记主管机关备案。法定代表人签署的文件是代表企业法人的法律文书。

法定代表人是有风险的，公司欠款不还，法人不需要承担责任，但有证据证明因为法人不当行为产生的债务，法人需要承担连带责任，甚至受到刑事处罚。一人公司的法定代表人作为公司股东，不能证明公司财产独立于自己财产的，对公司债务承担连带责任。