重大飞行事故罪的认定本罪与非罪的界限认定本罪一看行为人的行为是否违反规章制度。如果行为人的行为是照章行事的，不违反规章制度，即使发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，也不构成犯罪。二看是否造成了严重后果。行为人虽然违反了规章制度，但未造成严重后果的，不构成犯罪。三看违章行为与严重后果之间是否有因果关系。即使在行为人的违章行为之后，发生了重大事故，但不是行为人的违章行为引起的，二者之间没有因果关系，不构成犯罪。四看行为人主观上有无过失。如果行为人主观上既无故意，又无过失，严重后果是由于不能预见或者不可抗拒的原因引起的，属于意外事件。本罪与暴力危及飞行安全罪的界限两者都是与飞行安全有关的犯罪，其主要区别在于：

（1）犯罪主体不同。重大飞行事故罪的犯罪主体是特殊主体，仅限于航空人员，暴力危及飞行安全罪的犯罪主体是一般主体，而且实践中一般为航空人员以外的人。

（2）犯罪客观方面不同。重大飞行事故罪表现为航空人员违反规章制度，发生重大飞行事故，造成严重后果的行为；暴力危及飞行安全罪则表现为对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的行为。

（3）构成犯罪的要求不同。重大飞行事故罪要求行为人实施违章行为之外，还必须发生特定的重大飞行事故或严重后果，方可构成犯罪；暴力危及飞行安全罪是危险犯，犯罪的成立并不要求出现实际的严重后果，只要对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的，即可构成犯罪，如果出现了实际的严重后果，则构成结果加重犯，在较重的量刑档次内裁量刑罚。

（4）犯罪主观方面不同。重大飞行事故罪是过失犯罪，在主观方面表现为过失；暴力危及飞行安全罪是故意犯罪，在主观上表现为故意。本罪与过失损坏交通工具罪的界限它们都是过失犯罪，都会造成一定的严重后果并以此作为构成犯罪的必备要件，它们的主要区别：

（1）犯罪主体不同。前者的犯罪主体是特殊主体，仅限于航空人员；后者的犯罪主体是一般主体。

（2）发生严重后果的原因不同。前者发生的原因是由于航空人员违反规章制度，实施了违章行为；后者发生的原因则是由于行为人实施了对交通工具、交通设施的损坏行为。司法实践中，航空人员在工作中过失损坏航空器的重要部件或机场重要设施，丛而发生重大飞行事故，造成严重后果的，应视行为人的过失损坏行为是否违反规章制度而定。如果违反了规章制度，则应是重大飞行事故罪；如果没有违反规章制度，则应定为过失损坏交通工罪或过失损坏交通设施罪。本罪与重大责任事故罪的界限两者都是过失犯罪，都实施了违反规章制度的行为，并且以发生重大事故，造成严重后果作为构成犯罪的必备条件。两主要区别在于：

（1）犯罪主体不同。尽管两者都是特殊主体，重大飞行事故罪的犯罪主体仅限于航空人员；重大责任事故罪的罪主体则只能是工厂、矿山、林场、建筑企业或其他企业、事业单位的职工以及群众合作经营组织或个体经营户的从业人员。

（2）发生的场合不同。重大飞行事故罪发生在航空器的飞行过程中，而重大责任事故罪则发生在生产、作业过程中。