1、主体不同。

企业合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。

2、效力不同。

企业合并的效力使公司实体发生变化，被并公司解散，丧失法律人格。收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。

3、性质不同。

企业合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。

在股权收购中，收购者与被收购的目标公司的关系就不尽一样。当被收购公司的管理层对收购响应并积极配合时，收购就成“友好”收购性质。当被收购公司管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”收购性质。

4、控制程度不同。

5、程序和法律适用不同。

企业合并作为一种法定合并，要严格遵守法定程序。股权收购则不需要履行上述程序，不须取得目标公司管理层、权力机构的同意，不需要债权人保护程序等。

公司股权收购和股权转让的区别

1、二者的区别：

（1）股权收购是指是一种投资方式，即存在A、B二个公司，A公司打算收购B公司股东的全部或部分股权，在收购完成后A公司持有足以控制B公司绝对优势的股份，但是并不影响B公司的继续存在，B公司的组织形式仍然保持不变，法律上仍是具有独立法人资格。股权收购是上市公司通过证券市场进行的；

（2）股权转让是一种公司内部经营决策行为，是指公司股东将自己全部或者部分股份以一定价格转让给公司其他股东或者公司股东以外任何人或者公司。股权转让是现在市场上以有限公司为名称的企业中广泛存在的一种经营行为。

2、法律依据：《公司法》第一百四十二条【本公司股份的收购及质押】公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：

（一）减少公司注册资本；

（二）与持有本公司股份的其他公司合并；

（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；

（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；

（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；

（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。

公司因前款第（一）项、第（二）项规定的情形收购本公司股份的，应当经股东大会决议；公司因前款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，可以依照公司章程的规定或者股东大会的授权，经三分之二以上董事出席的董事会会议决议。

公司依照本条第一款规定收购本公司股份后，属于第（一）项情形的，应当自收购之日起十日内注销；属于第（二）项、第（四）项情形的，应当在六个月内转让或者注销；属于第（三）项、第（五）项、第（六）项情形的，公司合计持有的本公司股份数不得超过本公司已发行股份总额的百分之十，并应当在三年内转让或者注销。

上市公司收购本公司股份的，应当依照《中华人民共和国证券法》的规定履行信息披露义务。上市公司因本条第一款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，应当通过公开的集中交易方式进行。

公司不得接受本公司的股票作为质押权的标的。

《公司法》第七十二条，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。