某房地产企业开发了某花园小区项目，小区可售建筑面积为1万平方米，扣除项目中总建筑成本费用1200万元。2008年12月小区房屋销售比例达到90%，开发商共取得房屋销售收入1350万元，税务机关要求其进行土地增值税清算。企业在清算时，确定了该项目的单位建筑成本费用为1200元/平方米，缴纳土地增值税217.11万元。2009年该项目又销售了门面房500平方米，取得销售收入500万元，税务机关要求其再次清算土地增值税。

此时，对于如何计算缴纳土地增值税，有两种不同的计算方法，且两种方法计算出来的税款悬殊较大，税企之间存在争议。现将两种计算方法分别阐述如下。

方法一，确定500万元是售房所取得的全部收入，按照税法规定允许从售房收入总额中减去扣除项目金额，确定土地增值额和增值率，以此来计算土地增值税。

售房取得收入500万元减去允许扣除的开发成本及费用60万元，再减去营业税金及附加27.25万元，增值额为412.75万元。

根据增值额与扣除项目的比值为增值率的公式，求得增值率为473.07%。根据超过扣除项目金额200%的部分适用税率为60%的规定，按速算扣除系数35%计算，该房地产企业应缴纳土地增值税为217.11万元。

用方法一计算的理由是，土地增值税首次进行清算之后，再销售是一个独立的销售行为，是建立在首次清算确认过单位建筑成本费用的基础之上。因此，土地的增值额、增值率很容易计算出来，适用税率也容易确定，套用公式计算就可得知，且计算过程非常简便，便于税务人员的税收管理征管。

方法二，2009年取得的500万元售房收入，增值额计算方法同方法一，都是412.75万元，但增值率的确定就不一样了。根据配比原则计算相应的扣除项目，确定增值率，以此来计算土地增值税。

确定增值率的计算过程为：售房的全部收入=首次清算收入1350万元+再销售500万元=1850万元，开发成本及费用扣除金额=首次清算扣除金额1167.2万元+再销售扣除金额87.25万元=1254.45万元，增值额=1850万元-1254.45万元=595.55万元，增值率47.47%。

由于增值率是47.4，未超过50%，对应的适用税率为30%，速算扣除系数为0，应缴纳土地增值税123.83万元。

用方法二计算的理由是，在国家税收政策没有改变的情况下，对于同一个房地产开发项目的应纳土地增值税是一个确定值，不可能是随着销售的时点不同而改变，不管过程如何变化，但最终土地增值税适用税率肯定是一个定值。

笔者认为，从实际情况看，土地增值税首次清算后如有存量房未销售，在清算后企业再次销售存量房是一个很正常的情况。更重要的是，一个开发项目销售完毕后，清算的土地增值额、增值率和应纳土地增值税应是唯一的，不应该有两个以上的结果。

《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。这里规定了扣除项目的计算，但对税率的适用没有明确规定。因此，在清算土地增值税时，按方法二进行通盘考虑综合计算，并不违反相关规定。