专利代理合同纠纷的处理：1、调解。2、仲裁。仲裁是仲裁机构对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。3、诉讼。诉讼是指专门的司法机关，即人民法院按照《民事诉讼法》的规定对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。

一、专利申请的流程和费用

专利申请流程：

1、准备材料

准备申请文件，包括请求书、说明书、权利要求书、说明书附图、说明书。外观设计类的专利要有请求书、图片或照片、简要说明。可去国家专利局服务点索取相应的表格。

2、提交材料

Ⅰ、直接去专利局大厅或地方的专利代办窗口提交。

Ⅱ、通过邮寄的方式交，但是只能使用使用EMS，快递、平信都不要用。

3、等待通知

接受国家专利局下发的受理通知书，通知书发放意味着专利的申请正式进入审批流程。

4、缴纳费用

缴纳申请费，除直接去专利局收费处、专利局代办处缴费外，还可通过银行或者邮局汇款缴纳申请费，在缴纳费用时，应注意写申请号，并要求银行或邮局的工作人员录入专利申请号、名称、地址、邮编等。但是不应直接邮寄现金给专利局，没人会收。注意要在接到受理通知书之日起15个工作日内缴费。

5、等待审核

专利局对申请审查，首先初步审查，对于除了发明之外的专利申请，只要初审合格，则可授权专利，不合格的修改重新提交。对于发明专利，则需要先初步审查，合格之后，还要进行实质审查，只有在实质审查之后，才能获取专利。对于实质审查，有的可立即进行，有的则需18天之后才能进行。

6、领取专利证书

每种类型的专利申请注册流程基本相似，但是具体如何申请专利注册的细节以及提供资料方面会有一些不同。所以在您要确定申请专利的时候一定要了解您是要申请什么专利，充分的准备好需要的资料，按照相应的流程，才能更快更顺利的申请完成。

专利申请的费用，包括官费(向国家知识产权局支付的)和代理费(如果委托专业的代理机构申请，用于撰写专利文件和其他手续等，具体代理费可访问网站在线咨询。)

二、申请专利的注意事项

1、自己拥有的技术不能与在先申请的专利技术相同，应提前进行检索，可以委托合法的代理机构经验丰富的工程师进行检索

2、自己所拥有的技术不能提前以论文的方式进行发表，在专利没有授权的情况下，不能以任何方式将技术公开或者参赛，防止自己将自己专利的新颖性打消。

3、在专利进行申请之后应实时进行专利的监控，防止他人在专利申请时进行侵权，保留好证据，在专利授权之后进行回溯维权，维护自己的专利权。有合作的代理机构，可委托代理机构进行监控。