实际中，员工违反竞业限制协议，并无明确规定违约金的计算。不过，双方有约定的从约定，没有约定的根据原公司的损失、公平原则来确定违约金。

通常情况下，可以参考如下方式计算：

1、以商业秘密被侵害遭受的实际损失作为赔偿额

如商业秘密被泄露后客户的丢失，导致应当签订的合同没有履行，为此造成损失的赔偿额。

2、以违约人违反约定所获得的全部收益作为赔偿额

比如原先约定好的合作方，被违反竞业限制约定的员工挖走，因此给原公司带来的利益损失。

3、以被擅自公开的商业秘密的全部价值作为赔偿额

因员工违约造成某个商业秘密完全公开，该商业秘密的全部价值即为赔偿损失的依据。并且商业秘密的全部价值，可由委托国家认可的无形资产评估机构评定。

4、以约定双倍或多倍返还竞业限制的补偿费为赔偿额

按规定，员工违反竞业限制约定，应当向原公司支付违约金，其数额不得超过原公司向员工支付的竞业限制经济补偿的三倍，不过目前该条款已经被删除，但可以作为参考。

5、以违反保守秘密和竞业限制所获得的收益为赔偿额

最后，当员工违反竞业限制协议后，为节省双方的时间跟精力，较为理想的处理方式，就是双方协商处理纠纷。如果确实无法协商或协商不成的，比如双方都难以确定违约金的，或是根本不知道怎么计算这笔数额的，那么建议可以在必要时找个专业律师介入。

一、如何约定竞业限制协议

1、员工离职后竞业限制的期限。

一般而言，竞业限制的期限应当取决于该商业秘密在市场竞争中所具有的竞争优势持续的时间和员工掌握该商业秘密的程度、技术水平的高低。对于不同类型和性质的商业秘密，其竞业限制期限可以不同，但不能超过法律规定的最长期限两年。

2、对价的补偿性。

竞业限制协议限制了员工的自由择业及获得劳动报酬权，根据权利义务对等原则，应给予员工一定的补偿费。企业为保护其商业秘密而与员工订立竞业限制协议，该协议对于员工施加的是不利的限制。基于权利义务对等的公平原则，企业必须支付相应的对价来补偿员工由于就职被限制而可能受到的损失。

3、注意明确违约责任。

在竞业限制协议中最好明确约定有关违约责任。比如，当事人可事先约定违约金的数额幅度，可以预先约定损害赔偿额的计算方法，同时也可以设定免责条款和免除将来可能发生的责任，法律责任的事先约定可以避免竞业限制协议违约后确定损害赔偿额的困难，有利于合同纠纷的解决，也有助于减少当事人在未来可能承担的风险。