申请笔迹鉴定的程序：

1、由一方当事人在举证期前向法院提起申请;

2、经过双方当事人质证，确定提供鉴定的样本;

3、由双方协商选定或摇号选定鉴定机构;

4、鉴定机构接收后鉴定申诉后，凭借自己专业技术及依法做出鉴定意见;

5、双方当事收到鉴定意见后对鉴定结论有异议的，还可以申请重新鉴定。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》：

第七十六条

当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。

当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

笔迹鉴定，是指对人通过书写活动形成的字迹进行的鉴认、识别活动。人的书写习惯具有特定性和稳定性，并在笔迹中得到反映。通过对笔迹的检验，可判明文件中的笔迹由几个人所写，是否由某人所写，利用笔迹进行人身同一认定，证实文件的真伪。

鉴定时要了解案件有关情况，明确鉴定要求，査验笔迹物证和笔迹样本;分析判断笔迹是否正常，有无伪装或由于其他原因引起的变化;选择能反映书写人书写习惯的稳定的和带有特殊意义的特征;对检材和样本中找出的特征进行比较，找出符合点和差异点;对符合点和差异点的形成原因综合评断;做出鉴定意见并制做鉴定书。

对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定;当原告本身不能完成证明责任时，则首先应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。只有在原告完成了借条是被告所签的举证责任后，被告抗辩时，举证责任才依法发生转移，由被告对抗辩事实进行举证，这是对“谁主张、谁举证”原则的正确理解。

首先，笔迹鉴定法院会根据相关事实情况来确定是否需要，如果确定需要笔迹鉴定的话，会受理相关当事人的请求，然后提供法院所进行规定的笔迹鉴定机构，由双方当事人抽签来进行决定。确定好笔迹鉴定机构之后双方即可等待相关结果。结果出来之后，如果有一方有异议的话，可以进行申请重新鉴定。