一、农村房屋确权纠纷程序

1、在房产所在地法院提起诉讼，根据民事诉讼法及相关司法解释，房屋确权之诉属于不动产纠纷，应由不动产所在地法院管辖；

2、诉讼受理费：案件收取，一般每件三百元。

3、准备材料：起诉书、房产产权归属的相关证据，包括首付款、购房合同、房款收据、契税证明等可以证明产权的资料或产权分割协议、产权公证资料等；原、被告身份信息，联系方式等。

4、在房产地法院立案庭递交起诉状，根据要求缴费会得到一个立案通知书，在举证期把证据递交补充齐全。等开庭审理。

5、如果最终得到确权判决，要及时申请法院给房管部门发出协助执行通知书，办理产权。

二、农村房屋确权需要的证件：

1、宅基地登记申请书；

2、农村房屋所有人的身份证明材料（户口簿和申请人个人身份证等），委托代理申请的还应提供授权委托书和代理人身份证明；

3、宅基地的相关证明材料，比如村民申请宅基地报批表、农村居民宅基地审批表、村镇建设规划许可证等；

4、农村村民地籍调查表、宗地图及宗地界址坐标；

5、房屋权属证明材料（房屋所有权证，未取得房屋所有权证的提供村关于宅基地上房屋所有权的证明）；

农村房屋确权的办理流程：

1、农村房屋所有人向村委会提出申请，并按照规定递交土地使用权证书、规划许可证，交由村委会进行审核；

2、村干部及其他村委会成员根据农民的申请情况进行核查，属实的签字盖章并递交给乡政府；

3、乡镇部门会安排相关工作人员去实地查看，看看农民的房子是不是符合相关的规定，宅基地的大小是不是在规定范围内，审核无误的情况下签字，交给县规划局；

4、县规划局会审核农村房屋所使用的宅基地是不是符合乡镇发展要求，符合要求的审核通过；

5、农村朋友拿着相关审核政府，去当地的房管局办理不动产登记，即农村房屋产权证，并缴纳相应的费用。

三、农村房屋确权的好处

1、农村房屋使用权一般不需要，房屋的矛盾都是侵权引起，房屋早已与分配时就已经完成确权行为，村里应有原始分地记录，如发生矛盾，调取房屋原始记录，都有尺寸位置的详细说明，对方是否侵权一目了然，所以不需要再次确权；

2、农村房屋确权一般是村集体统一申请确权，政府和法院都不会受理单个村民房屋确权，法律没有规定单个村民确权条例，因为在分房屋时已经由土地管理部门按户确权好了，并且都登记造册，所以原则上不再受理细部划分的确权申请；

3、农村房屋使用权，如果受理了是因为办事员不懂政策法规，所以也不会有结果，遥遥无期。但是政府和法院都可以判断侵权行为是否成立，并做出公正裁决。