发生合同纠纷的双方当事人在通过第三方主持调解解决纠纷时，应当遵守以下原则：

1、自愿原则。

自愿有两方面的含义：

(1)纠纷发生后。是否采用调解的方式解决，完全依靠当事人的自愿。调解不同于审判，如果纠纷当事人双方根本不愿用调解方式解决纠纷，那么就不能进行调解。

(2)指调解协议必须是双方当事人自达成。调解人在调解过程中要耐心听取双方当事人相关系人的意见，在查明事实清是非的基础上，对双方当事人进行说服教育，耐心劝导，晓之以理，动之以情，促使双方当事人互相谅解，达成协议。调解人既不能代替当事人达成协议，也不能把自己的意志强加给当事人。如果当事人对协议的内容有意见，则协议不能成立。调解无效。

2、合法原则。

根据合法原则的要求，双方当事人达成协议的内容不得同法律和政策相违背，凡是有法律、法规规定的，按法律、法规的规定办；法律、法规没有明文规定，应根据党和国家的方针、政策、并参照合同规定和条款进行处理。

一、法律规定

《人民调解法》

第二十二条人民调解员根据纠纷的不同情况，可以采取多种方式调解民间纠纷，充分听取当事人的陈述，讲解有关法律、法规和国家政策，耐心疏导，在当事人平等协商、互谅互让的基础上提出纠纷解决方案，帮助当事人自愿达成调解协议。

第二十三条当事人在人民调解活动中享有下列权利：

(一)选择或者接受人民调解员；

(二)接受调解、拒绝调解或者要求终止调解；

(三)要求调解公开进行或者不公开进行；

(四)自主表达意愿、自愿达成调解协议。

第二十四条当事人在人民调解活动中履行下列义务：

(一)如实陈述纠纷事实；

(二)遵守调解现场秩序，尊重人民调解员；

(三)尊重对方当事人行使权利。

第二十五条人民调解员在调解纠纷过程中，发现纠纷有可能激化的，应当采取有针对性的预防措施；对有可能引起治安案件、刑事案件的纠纷，应当及时向当地公安机关或者其他有关部门报告。

第二十六条人民调解员调解纠纷，调解不成的，应当终止调解，并依据有关法律、法规的规定，告知当事人可以依法通过仲裁、行政、司法等途径维护自己的权利。