我国刑事公诉权作为监督权之一，主要指向的是侦查机关所行使的侦查权和审判机关所行使的审判权。而在这三项权力之中，公诉权是最为弱小的，这是个不争的事实。侦查权本身所具有的高效、快速和及时的特点使其和强大的国家行政权力之间具有不可分割的联系，同时，为了加强国家对犯罪的防控能力和防控力度，将之归结于国家行政机关的管理和调节体制之中，这就必然使侦查权具有了一般行政权所具有的权力广泛性和趋强性特点。从法律规定和司法的实践来看，这种特点也更加明显和突出，刑事案件的侦查程序基本上由侦查机关所垄断，其享有"侦查、拘留、执行逮捕、预审"等一切侦查措施和权力，整个侦查程序基本上由公安机关等侦查机关一家进行操作和运作，其权力之大使公诉权有时无法有效监督，公诉监督具有被动性、事后性和公诉活动参与的有限性，又缺乏有效的保障机制和保障途径，不能保证侦查的合法性和案件质量，即便赋予其退回补充侦查和不起诉、要求提供证据等权力，但退而不查、查不适格甚至拖延侦查等现象不断出现，监督制度形同虚设，难见成效。审判权一向由审判机关(人民法院)独立享有，其本身所具有的独立性和超然性、中立性、后位性使公诉权对其的监督更加困难，加之法律授权的弹性范围过大，法官的自由裁量权日趋扩大，而且"以审判为核心"、维护审判权威甚至维护法官权威的论调日嚣尘上，更增加了公诉监督的压力。而处于侦查权和审判权的中间环节的公诉权虽然从法律上讲，享有侦查监督、审判监督等项权力，但其监督缺乏真正有效的制约形式，侦查程序呈现严重失

控状态，超期羁押、刑讯逼供等违法现象不断出现;公诉监督范围不宽，措施不多，监督不能深入;公诉监督保障机制不完善，有些监督措施得不到有效执行，如通知立案而不立案、纠正违法而不纠正，检察机关往往无计可施;公诉监督还常常受到被监督者的制约，最常见的是其监督的成效还要取决于被监督者的同一部门，如抗诉等审判监督的结果是否成立取决于审判机关而不是如独立的上诉法院等第三方的裁决，以致现实中的抗诉越来越少、抗诉成功率越来越少、抗诉积极性越来越小。这些法律和实践中呈现的状况都对公诉权的有效行使形成现实的限制和约束。

从检察机关内部来讲，公诉权不能够有效行使的原因也很多。观念上的制约是个首要因素，检察机关作为国家法定的法律监督机关，其所承担的法律监督职能范围很广，不但有刑事司法上的监督，还有对民事、行政司法上的监督，更有法律特别规定其享有的对职务犯罪等部分案件的侦查权，而且目前检察机关普遍将这种侦查权作为其内部与公诉权平行甚至高于公诉权的一种职能来行使，对公诉权或公诉职能的应有地位和作用没有上升到核心的层面上来，在一定程度上也影响了公诉权职能的有效行使。同时，检察机关内部对于公诉自由裁量权的无形限制(如对撤回起诉、不起诉或无罪案件的限制或思想恐惧等)，也是制约公诉权有效行使的一个重要原因。另外，由于对检察权的性质一直存在争论，长期以来，检察机关内部的认识也得不到统一，不能统一到强化法律监督、维护公平正义的正确思路上来，导致实践中对公诉工作的要求存在强调追诉职能、弱化监督职能的错误倾向，所以对程序的漠视、对人权保障的轻视等现象不断出现，在一定程度上也缩小了公诉监督的范围，影响了监督的效果。