按照备案的施工合同实施，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

一、合同备案的办理流程

1、网上申报。承包人登录政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表；2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续；3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。

二、签订建设施工工程合同的注意事项

1、仔细阅读使用的合同文本，掌握有关建设工程施工合同的法律、法规规定。

2、严格审查发包人资质等级及履约信用

3、关于工期、质量、造价的约定，是施工合同最重要的内容

“工期、质量、造价”是建设工程施工永恒的主题，有关这三个方面的合同条款是施工合同最重要的内容。

1）实践中关于工期的争议多因开工、竣工日期未明确界定而产生。开工日期有“破土之日”、“验线之日”之说：竣工日期有“验收合格之日”、“交付使用之日”、“申请验收之日”之说。无论采用体积廉洁，均应在合同中予以，并约定开工、竣工应办理在那些手续、签署何种文件。对中间交工的工程也应按上述方法作出约定。

2）根据国务院《建设工程质量管理条例》的规定，工程质量监督部门不再是工程竣工验收和工程质量评定的主体，竣工验收将由建设单位组织勘察、设计、施工、监理单位进行。因此，合同中应明确约定参加验收的单位、人员，采用的质量标准，验收程序，须签署的文件及产生质量争议的处理办法等。

3）建设工程施工合同最常见的纠纷是对工程造价的争议。由于任何工程在施工过程中都不可避免设计变更、现场身份证和材料差价的发生，所以均难以“一次性包死，不作调整”。合同中必须对价款调整的范围、程序、计算依据和设计变更、现场身份证、材料价格的签发、确认作出明确规定。

4、对工程进度拨款和竣工结算程序做出详细规定。