1、工程质量缺陷不适用出售质量不合格的商品未声明的一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为二年。

2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算；如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。

3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。

4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：

（1）工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后二年；

（2）工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后二年；

（3）工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：

农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年；

城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年；

城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确；

城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。

5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。

程款纠纷案件有关确认时效和返还时效的特殊性

一、建设工程施工合同纠纷怎么处理

1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。

2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80％以上存入银行，专款专用。

3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。

4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。

5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。

6、及时解决工程中的索赔问题。

7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。

8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。

二、建设工程合同的特点有哪些

1、收案数逐年递增。如上文所述，随着高速公路工程的开展，建设工程施工合同纠纷越来越多，收案数每年递增。

2、涉及标的大。由于建筑工程施工合同纠纷往往涉及的是整个路段的工程款或者是整个路段的工程造价，案件涉及的标的较大。

3、案件涉及法律关系复杂。建筑工程施工合同纠纷涉及的法律关系往往较为复杂，涉及面很广。首先，由于工程的复杂性，建设工程施工合同往往并不是单纯的施工合同，经常涉及到承包、转包、分包等不同承包方式，合同性质多样化；其次，由于多种合同样式，导致签订合同当事人、承包人、实际施工人等可能分别不同，其在合同中的地位也不同，所承担的责任也各有不同。

4、案件审理难度大，周期长。由于建筑工程施工合同纠纷涉及的方面较多，法律关系复杂，导致审理难度较大。同时，由于建筑工程施工合同纠纷往往涉及到专业的建筑类要求，如工程造价等，往往需要专业的鉴定机构予以鉴定，无形中增长了此类案件的审理周期，也加大了法官的审理难度。

5、较为依赖鉴定结论。由于此类案件往往涉及专业的建筑类问题，所以此类案件一半都需要聘请专业的鉴定机构予以司法鉴定，然后根据鉴定结论去判定工程造价等专业类问题，审判结果较为依赖鉴定结论。

6、服判息诉率较低。由于建筑工程施工合同纠纷涉及的利益较大，所以，此类案件往往很难调解，一般都是以判决结案。而结案后，双方当事人也往往会由于利益的损失而上诉或者申请执行，服判息诉率较低。