自然人股东向公司借款。如果公司是股份公司，且股东在公司里担任董事、监事、高级管理人员，根据股份公司不得向董事、监事、高级管理人员提供借款的规定；

如果公司股东在该股份公司担任以上职务，那么就不能违反该禁止性条款而向公司借款，否则借款合同将会被认定为无效；

如果股份公司自然人股东不担任以上职务或是有限责任公司自然人股东，那么股东向公司借款的行为是合法的。

向总公司借款还要收利息合理吗

1、企业向股东或其他与企业有关联关系的自然人借款的利息支出，如满足两个条件，可以在计算应纳税所得额时准予扣除，一是企业如果能够证明相关交易活动符合独立交易原则的，或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，二是金融企业的关联方的债权性投资与其权益性投资比例不超过5：1，其他企业不超过2：1。应根据《中华人民共和国企业所得税法》第四十六条及《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）规定的条件，计算企业所得税利息扣除额。

2、企业向除有关联关系的自然人以外的内部职工或其他人员借款的利息支出，利息支出不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分，也可以在计算企业所得税前扣除。应根据税法第八条和税法实施条例第二十七条及《关于企业向自然人借款的利息支出企业所得税税前扣除问题的通知》（国税函［2009］777号）的规定，计算企业所得税利息扣除额。

《企业所得税法》第四十一条规定：企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。

企业与其关联方共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本，在计算应纳税所得额时应当按照独立交易原则进行分摊。

所称关联方，是指与企业有下列关联关系之一的企业、其他组织或者个人：

（1）在资金、经营、购销等方面存在直接或者间接的控制关系；

（2）直接或者间接地同为第三者控制；

（3）在利益上具有相关联的其他关系。

所称独立交易原则，是指没有关联关系的交易各方，按照公平成交价格和营业常规进行业务往来遵循的原则。

公司把钱借给关联企业使用，没有按照市场利率计息，税务机关有权核定征收，核定的方法方法按照《企业所得税法实施条例》第一百一十一条规定，调整的合理方法包括：

（一）可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法；

（二）再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法；

（三）成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法；

（四）交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法；

（五）利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法；

（六）其他符合独立交易原则的方法。

这样看，对于公司将钱借给关联企业没有计息，税务机关按照市场利率计息，要求公司补税是正当的税务稽查行为，公司应当执行，并规范经营行为，避免以后再出现类似情况。

《公司法》第一百一十五条规定，公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。