在实际工作中，对增值税收入和企业所得税收入申报不一致差异不外乎两种情况：增值税销售额收入大于企业所得税营业收入；增值税销售额收入小于企业所得税营业收入。

一、增值税销售额收入大于企业所得税营业收入的差异疑点分析：在正常情况下，增值税销售额收入一般不会大于企业所得税的营业收入，因为企业所得税营业收入的外延大于增值税销售额收入的外延，因此该项疑点应重点分析。在征管状况分析工作中，发现存在以下几种问题：1.增值税销售额收入正确，所得税营业收入错误。随着金税工程的逐步深化和征管质量的不断提高，对增值税销售收入额的管理日趋完善，增值税销售收入额相对真实可靠，有些纳税人为达到少缴税款的目的，人为少计所得税收入；2.增值税销售额收入错误，所得税营业收入正确。在中小企业中，为提高征管质量，降低零负申报率，在当期进项税额一定时，人为提高增值税销售额收入，从而造成了增值税销售额收入大于所得税营业收入；3.增值税销售额收入和所得税营业收入都不正确。这种错误是由纳税申报填写不正确或计算错误所造成的。通过在征管系统中对两项收入申报的落实分析，系统只就增值税销售收入月度发生额和所得税营业收入季度发生额进行累计，得出全年累计数，并不默认期末或年度申报表上填写的累计数。有些企业在填写申报表时，漏填或错填本期发生额，也导致两项收入都不正确。

二、增值税销售额收入小于企业所得营业收入的差异疑点分析：由于企业所得税营业收入中含有非应增值税销售额收入和视同销售收入，在增值税帐务处理上，视同销售收入只进行增值税纳税调整而未作收入处理，还有补贴收入等特殊收入，在所得税季度申报时计入了营业收入，所以增值税销售额收入小于企业所得营业收一般情况下属于正常。但通过落实分析，发现存在以下几种问题：1.所得税营业收入正确，增值税销售额收入错误。纳税人为少缴增值税而少申报或不申报销售额，这种现象发生较少，对于开具发票不规范企业及增值税和企业所得税分别在两个税务机关管理的可能发生；2.增值税销售额收入和所得税营业收入都有错误。这种错误是由纳税申报填写不正确或计算错误所造成的。