近年来，我国法学和程序法学的理论研究基本摆脱了程序法与实体法的关系，即形式与内容、手段与目的的关系。它认为实体法是主体法，程序法开始从腐朽的传统法律观中逐步实现程序法自身的独立价值，从而建构新的程序正义理论。可以说，传统的工具性程序模式已经成为过去，程序本位时代已经到来。当然，程序独立理论的突破性研究在不同的法律学科中取得了不同的进展。其中，《刑事诉讼法》对此的研究应该说是最为深入的。也许这是因为刑事诉讼涉及人的生命、人的尊严和其他与财产有关的更重要的价值。当然，在民事诉讼法领域，许多学者都在不断推进这一理论研究。例如，一些学者对民事诉讼的价值有自己的独立性，指出“程序法的价值只有一种性质，即工具性，但不是实体法的工具性，而是程序法对人的工具性。这一工具的含义是广泛的，包括对诉讼主体、社会和公众的工具性。作为一种制度，程序法自产生之日起就独立存在，或者说它的存在并不依附于实体法。实体法的变更对程序制度没有直接影响，即程序作为一个制度具有一定的稳定性和独立性，实体法变更的唯一影响是，当实体法需要在程序过程中适用时，变更后的实体法适用，但该程序的基本框架和构成关系没有改变。”事实上，程序具有独立性，不依赖实体的自由价值，程序在更深层次上决定了实体法所创造的权利和义务的实现。基于以上认识，笔者认为，在国际民商事活动中，国际商事仲裁协议作为国际民商事活动当事人之间的“程序法”，也具有自身的独立性。可以说，国际商事仲裁协议的独立性与程序法本身价值的独立性是一脉相承的。也就是说，国际商事仲裁协议的独立性是国际民商事活动当事人程序法独立性的必然内在要求和适用，国际商事仲裁协议与作为其基本协议的国际商事合同的关系实际上等同于程序法与实体法的关系。关于程序法与实体法的关系，现代程序正义理论认为，程序法不仅独立于实体法，而且优先于实体法，“无论是从现实意义上，还是作为纯粹的理论问题，还是基于历史事实，我们可以说，程序法先于实体法，或者说，诉讼作为实体法形成的母体具有重要意义。”程序是实体之母”，因此，可以说实体法内容的实现是程序过程中的偶然性。程序不仅具有独立的价值，而且应该优先于实体。没有程序就没有实体,程序先行;；当程序价值与实体价值存在矛盾时，选择程序；当违反程序价值的实体价值被强制执行时，应视为无效并予以抵制