1、申报明细与年度财务报表的关系既有联系又有区别。申报明细与年度财务报表的关系，是指最近三个会计年度研究开发费用结构明细和最近一年高新技术产品（服务）收入明细的相关数据纳入经审计的年度财务报表，而会计准则或会计准则适用于两者的制度是一致的，相关会计政策和会计估计不存在差异。不过，申报明细与年度财务报表有所不同。根据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理指引》，编制最近三个会计年度的研发支出结构明细表和最近一年的高新技术产品（服务）收入明细表高新技术企业。所提供的数据能够直接反映企业是否符合认定条件。二是实施专项审计，无论企业以前年度财务报表是否经注册会计师审计，或者专项审计与年度财务报表是否由同一会计师事务所承担，专项审计可以按照《专项审计准则》的规定，独立实施审计程序。如果结合上一年度的财务报表审计，确定的重要性水平应低于相应财务报表审计的重要性水平。在确定审计范围时，应考虑从上一年度财务报表审计中获得的审计证据的程度。应该注意的是，重要性的性质和数量应结合具体环境加以考虑。三是对高新技术产品或者服务的认定进行专项审计的要求。注册会计师不是高新技术领域的专家，因此《专项审计指引》作出了以下规定：（一）申报企业有责任正确界定研发项目和高新技术产品（服务）的具体范围。（2）管理权限声明由申请企业的技术负责人、法定代表人、财务负责人共同签署。但《专项审计指导意见》也规定，在制定总体审计战略时，应当明确分配给具体审计领域的资源，包括聘请研究开发项目复杂技术问题专家的工作。四是风险导向审计理念在专项审计中的应用《专项审计指导意见》要求对研发项目和高新技术产品（服务）应了解申请人及其环境，如申请人产品（服务）的技术变化，申请人研发部门的设置和分布情况，是否有专门的机构和人员需要了解固定资产在研发活动中的投入情况以及投入资金的来源，申报企业是否制定了创建科技创新型企业的发展战略，是否将高新技术产品（服务）收入作为主要绩效评价指标。

专项审计指引要求从申报明细、各项交易、列报确认等层面识别和评估重大错报风险。需要从整体上判断申报细节层面的重大错报风险。如申报企业不能提供研发项目的相关计划和实施方案及研发记录，申报明细整体上可能存在重大错报风险。在申报明细层面的重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是当其优于内部控制制度时，很可能伪造或篡改编制申报明细所依据的会计记录或相关文件。“专项审计指引”要求注册会计师假设申报企业的高新技术研发费用和高新技术产品（服务）收入存在欺诈风险，应当考虑申报企业管理层可能有申请会计师资格的动机高新技术企业享受税收优惠政策，导致高新技术研发费用和高新技术产品（服务）收入存在重大错报风险的。特别审计准则概述了与申报细节有关的内部控制制度，强调了解这些内部控制是识别和评估重大错报风险以及设计和实施进一步审计程序的基础。

与高新技术产品（服务）收入有关的内部控制纳入企业产品或服务的销售控制。例如，当高新技术产品（服务）的收益与研发激励或销售激励相关时，企业通常会设计或增加相应的控制环节。注册会计师在进行审计时，需要了解申报企业是否能够保证销售额的准确记录，并对高新技术产品（服务）进行适当的分类。

在财务报表审计中，与高新技术研发支出相关的内部控制一般没有具体提及。《专项审计指引》强调，研发费用控制通常是申报企业费用和成本控制的重要组成部分。这就要求注册会计师在了解研发费用的控制时，必须考虑影响研发费用的完整性、发生性、准确性和分类的控制点。同时，《专项审计指引》给出了研发业务流程通常可能包括的主要活动，如项目审批和预算管理、人员管理、物资设备管理、项目收尾管理等。6专项审计报告的审计为申请高新技术企业的认定，申报企业通常委托对最近三个会计年度的研发支出结构明细表和最近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行专项审计同时也是一家会计师事务所。按照专项审计指引的要求，完善研发支出结构，分别出具专项审计报告。