1、国家机关工作员实施职务活动时，有侵权行为的，受害人向法院起诉时，被告的确定有两种情形：

（1）如果是提起行政诉讼，请求撤销具体行政行为的，作出具体行政行为的机关为被告人；

（2）如果主张国家赔偿的，国家机关工作人员所在的行政机关为被告人。

2、法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。

经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。

复议机关在法定期限内未作出复议决定，公民、法人或者其他组织起诉原行政行为的，作出原行政行为的行政机关是被告；起诉复议机关不作为的，复议机关是被告。

两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。

行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告。

行政机关被撤销或者职权变更的，继续行使其职权的行政机关是被告。

《中华人民共和国国家赔偿法》第七条行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。

两个以上行政机关共同行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关。

法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关。

受行政机关委托的组织或者个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关。

赔偿义务机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关为赔偿义务机关；没有继续行使其职权的行政机关的，撤销该赔偿义务机关的行政机关为赔偿义务机关。

一、国家机关职务侵权行为构成要件是什么

1、侵权行为的主体是国家机关或国家机关工作人员。国家机关不仅包括行政机关，还包括立法机关、审判机关、检察机关、军事机关。受委托行使国家权力的机关或公民，也被视为国家机关及国家机关工作人员。

2、侵权行为的发生必须是执行公务所致。如果不是在执行职务中或是与执行职务无关的侵权行为则不适用职务侵权行为的规定。但如果法律规定有为某种预防或防止义务而不为反而参与，则认为这是与其职务有关的行为，对因此造成他人损害的，也属于职务侵权行为。国家机关工作人员的非职务行为、个人行为则不构成职务侵权。

3、须是执行职务中的不当行为。所谓不当行为，是指执行职务中违反法律规定，损害了公民、法人的合法权益的行为。如果依法剥夺、限制公民、法人的某些利益则不构成侵权。对违反执行职务的注意义务情况，既表现为执行职务不当或滥用职权的作为行为，也表现为应当作为而不作为的情形。

4、必须造成公民、法人、或其他组织合法权益的损失。对合法权益的损失，包括财产损失和人身损失。财产损失只限于直接财产损失，间接财产损失不在国家赔偿范围之列。人身损失主要是指对公民生命健康权和人身自由权的损害。对于单纯的精神损害，国家不予赔偿，但应承担消除影响、恢复名誉、赔礼道歉的民事责任。

5、不当职务行为与损害后果之间有因果关系。