1、理解土地增值税自行清算和要求清算的界定

(1)纳税人符合下列条件之一的，应自行进行土地增值税的清算：①房地产开发项目全部竣工、完成销售的;②整体转让未竣工决算房地产开发项目的;③直接转让土地使用权的。

(2)对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;②取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;④省(自治区、直辖市、计划单列市)税务机关规定的其他情况。土地增值税清算方法

对前款所列第③项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。

2、正确确定清算计税单位

房地产开发企业在进行土地增值税清算时，应以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算：对于分期开发的项目，应以分期项目为单位清算;对不同类型房地产应分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。对分期开发项目或者同时开发多个项目的，应按不同期间和不同项目合理归集有关收入、成本、费用。

3、认真审核销售收入的真实性

企业应根据销售发票、销售合同(含房管部门网上备案登记资料)、商品房销售(预售)许可证、房产销售分户明细表及其他有关资料，制定销售明细表：对销售面积与项目可售面积的数据差异进行核实：对销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，而发生补、退房款的收入调整情况进行核对;对销售价格进行评估时，审核其真实性。

4、认真审核计税的扣除项目

(1)根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》[国税发(2006)187号]第四条第一款规定：“扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证;不能提供合法有效凭证的，不予扣除”。①土地征用及拆迁补偿费。指为取得土地开发使用权(或开发权)而发生的各项费用，包括土地征用费、耕地占用税、契税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。合法有效凭证为：土地规费专用收据、行政事业单位票据、转让无形资产发票、税票、服务业发票、协议、建筑安装发票、非经营性收入专用发票等。②前期工程费。指项目开发前期发生的水文地质勘察、测绘、规划、设计、可行性研究、筹建、场地通平等前期费用。合法有效凭证为：服务业发票、行政事业单位票据、建筑安装发票等。③建筑安装工程费。指开发项目开发过程中发生的各项建筑安装费用。