工资应会发放。但如是自动离职，公司根据规章制度可以扣工资，剩余工资也会发放。非正常离职，就没办法办理离职证明，但是当事人有权利要回工资，当事人应该尽快回公司办理相关离职手续，与单位协商沟通好。

一、工厂自离离职可以扣多少天工资？

职工自动离职的，用人单位不得自己随意进行克扣劳动者工资，但如劳动者时自动离职然后因为他们的这一原因给用人单位造成经济损失的，用人单位就进行可以扣工资，但需要承担造成损失的相关举证责任。

依据《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。也就是说，工厂自离扣工资的天数不能多于6天，而且是在员工因为自己的过错导致工厂损失的，才可以进行扣工资，不然扣工资就是不合法的行为。

二、离职手续如何办理？

一般需提前30天向部门主管(或人力资源部)提交辞职报告，按公司规定执行。其他特殊行业的离职，当事人需要向该行业主管单位进行报备，如药师离职需要向药监局进行变更注册手续。正式员工离职手续办理流程：

1、如果当事人的劳动合同还没到期的话，需提前一个月向部门领导提出书面辞职申请和《解除劳动合同申请》，待部门领导签署意见后报人力资源部。

2、根据当事人工作岗位，由人力资源部逐级报请，有些只需部门主管批准，有些岗位级别高的需经总经理、董事长批准后，人力资源部通知当事人的部门领导安排工作交接。

3、当事人需要按公司的《离职员工交接手续表》《工作交接明细表》和《物品交接单》内容依次交接(各公司规定不同)，财务部结清借款后，经交接双方和部门领导签字确认后，交接工作方视为完成。

4、工资中涉及保险，人力资源部同财务部办理保险清算，进行保险减员手续。用人单位会在15日内办理人事档案和社会保险关系转移手续，当事人应该落实办理情况并索要相关书面办理资料。

5、人力资源部统计其本月考勤，报上级领导批示，到工资结算日发放当事人的工资。

6、人力资源部办理劳动合同终止手续并给当事人开出《解除劳动合同证明》，《解除劳动合同证明》是到下一个新单位需要的，只要是正规大单位，一般都会要求出具的，有备无患。如果是试用期员工，一般只需提前三天提出申请，手续办理也相对较简单。通常离职程序，每个公司的规定不一样，有的可以比这些更复杂或更简单。

离职员工可以向人力资源部申请填发离职证明书，人力资源部发出的离职证明书只证明离职员工的受雇日期、职位及其离职原因。一般被开除的职工是填发开除证明书而不填发离职证明书。

因为离职证明书没有确定的交阅单位，所以不必写收信人的姓名和地址，只须写上开证明的日期。

三、合同到期，公司不给办离职手续怎么办

1、与公司协商解决。合同到期后不续签的自动解除，单位应当为你办理离职手续,包括结算工资、开具离职证明、办理户口和档案的迁转等。

当事人可以提前向单位申请离职,也可以与单位协商,如果单位有违法的,可以直接离职。

协商不成可以申请劳动仲裁,申请劳动仲裁应当在单位注册地的劳动仲裁委员会申请。也可以委托律师代为仲裁。

2、申请劳动仲裁。