保护改制企业小股东的合法权益的方法如下：

1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的规定，以制约大股东的行为。

2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。

3、建立公司财务、政务公开制度。

4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。

5、对公司董事、经理违反《公司法》第六十条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。

一、合伙开店一年怎么退股

股权转让一般要求原有股东或者第三人受让股份。依照原公司法，有限责任公司的股东是不能请求公司回购自己所持有的股份的。公司资本的原则资本法定、资本维持、资本不变，要求公司在存续的期间，应当保持与资本额相当的财产。公司资本确定后不能随意改变。允许公司回购股东的股份，将会影响公司资本的充实率。按照资本多数的原则，股权的行使按照所持的股份多少来确定表决权。大股东可能会通过对董事会、监事会、经理等控制公司权利，禁止公司回购股东持有的公司股权，可能会对中小股东的权益造成损害。为了实现公司法保护小股东的价值目标，维护小股东的利益，新公司法规定了有限责任公司的股权回购制度。新公司法规定三种情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权。第一，公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；第二、公司合并、分立、转让主要财产的；第三、公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。

二、公司人格否认制

《公司法》第20条，第64条(此条体现人格否认制，但不体现对中小股东权益保护)

根据《公司法》第3条规定，公司作为法人享有独立人格，公司应以全部财产对外承担责任。单纯这样会导致人格独立和有限责任绝对化或推向极致。有些大股东以其股份优势操纵公司，以非法行为获得利润，最终却使公司以其全部财产对外承担责任，而逃脱个人责任，从而侵害了中小股东的权益。但是公司人格否认却使公司独立法人人格取缔，让逃避债务的股东对公司承担连带责任。这样法律在肯定公司人格独立的同时，不容忍股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任来损害公司债权人的利益，保护了中小股东的权益。可见，法人人格否认制是对公司人格独立原则有益而必要的补充。

《公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。