但是，对于试点地区属于“营改增”的纳税人，原先按规定可以实行营业税差额政策的，如果在试点后存在未抵扣完的扣除项目的衔接问题，《财政部国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》(财税[2011]133号)的规定是：“试点纳税人(指按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人，下同)提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至2011年12月31日尚未扣除的部分，不得在计算试点纳税人2012年1月1日后的销售额时予以抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税。”

笔者认为，“营改增”征管过渡方案的这种衔接方案似乎存在一定的问题。

在营业税差额征税的方法上，理想状态下，扣除项目应该在其对应的收入确认的所属期从其确认的收入中进行扣除，但这个在实际征管中存在问题，因为我们无法把纳税人的扣除项目和其取得的每一笔收入都一一对应。所以，目前在“营改增”涉及到的营业税差额征税政策的纳税人，我们一般在营业税的扣除上基本实行的按项目凭票抵扣，且无限期向以后年度结转抵扣的政策，基本和增值税进项税扣除的结转方式类似。

【在营业税差额征税中，无非存在以上三种情况】：

第一种是扣除项目金额早于收入，即纳税人已经支付了可以扣除的项目金额并取得发票，但收入尚未取得或尚未完全取得，导致扣除项目大于收入而未完全抵扣的情况;比如，广告公司一般是先向媒体买断相关版面，提前向媒体支付广告发布费并取得发票，但收入是在后期分期取得的，这样，扣除项目金额发生在先，而收入确认在后，如果在这个中途“营改增”，就会出现未抵扣完的扣除金额问题。

第二种情况是收入早于扣除项目。这种情况就会导致纳税人前期多缴纳了营业税，但扣除项目发生后尚未足够收入进行扣除导致未抵扣完的情况。此时，扣除项目既可能是发生在“营改增”前，也可能发生在“营改增”后。

第三种是由于业务的亏损导致有未抵扣完扣除金额的情况。这种情况是，纳税人收入已经全部确认了，可扣除项目金额也已经支付并取得票据了。但是由于纳税人经营不善，导致成本大于收入，扣除项目金额大于纳税人确认的全部营业税收入，从而也会出现未抵扣完的扣除金额问题。当然，这种情况在营业税上并不多见。

按照133号的规定，如果“营改增”试点纳税人按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至2011年12月31日尚未扣除的部分，不得在计算试点纳税人2012年1月1日后的销售额时予以抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税就会存在一系列问题。