一、启动调解程序。对于可以适用调解的案件，调解程序的启动主要当事人申请，人民法院也可以根据具体案件查明事实，判断具体行政行为是否合法后提出建议。

二、主持调解程序。鉴于行政诉讼的特殊性和复杂性，行政诉讼的调解应与民事诉讼不同。简易程序不应由独任法官主持，而应与行政审判组织一致，实行合议制，由审理案件的同一合议庭主持，以保证合议庭成员熟悉具体案件，充分发挥集体智慧，对案件做出准确判断。同时也可以起到相互监督的作用，规范法官在调解中的行为，从而保证调解的合法性和公正性。

三、调解阶段。具体行政行为是否合法，决定了行政诉讼案件能否适用调解。因此，行政诉讼的调解只能适用于法院对具体行政行为是否合法作出明确判断的庭审或庭审后判决前的阶段，而不能适用于判决前的各个阶段，应与民事诉讼不同。如果原告与行政机关之间的矛盾在诉讼开始时异常激烈，不仅会排除许多本能调解成功的案件，而且不符合行政诉讼合法性审查的原则。因此，行政诉讼的调解只能在庭审中或庭审后判决前两个阶段进行。

4、调解的次数和时限。为了防止案件长期调整，应限制调解次数。为与调解阶段相协调，调解次数不得超过两次。两次调解可以在庭审中或庭审后的判决前进行一次，也可以在一定阶段进行，但不得超过两次。调解期限应当在行政诉讼审判范围内。调解不成立的案件，由法官或法官及时与人民陪审员组成合议庭作出判决。

5、调解协议审查的内部客户和标准。由于诉讼调解是行政主体在特定范围和特定条件下处分其权限的结果。因此，法官必须审查调解协议。审查内容包括：达成调解协议的当事人是否具有诉讼行为能力，调解协议是否属于当事人的真实意思，调解事项是否属于当事人（尤其是行政主体）可以自由处分的事项，调解协议的内容是否违反法律或社会利益。经审查，法官认为调解协议无误的，应当制作调解书。经过调解过程，原告不再对被诉的具体行政行为持异议，因此调解协议的合法性审查标准可以放宽到行政非诉讼执行案件的审查标准。

六、调解书的有效性。鉴于民事诉讼中赋予当事人调解的反悔权在民事审判实践中经常被滥用而暴露出的各种弊端，为了节约有限的司法资源，避免当事人调解时的随意性，增强其责任感，在行政诉讼案件的调解中，如果当事人达成调解协议，法院应在审查批准后制作调解书，调解书经各方签字后具有法律约束力，任何一方不得反悔。

7、确定调解结案为法定结案方式。行政诉讼建立调解制度时，应当规定调解结案为法定结案方式，赋予调解书与判决书同等的法律效力。一方不履行的，对方可以申请人民法院强制执行。