1、因土地管理部门违法审批引发的宅基地纠纷案件，应当由人民法院立案审理。法院主要审查土地管理部门在制定宅基地审批具体行政行为过程中是否越权、滥用职权、违反法定程序。因此，只要从实体处理到土地管理部门审批程序的各个环节都存在违法案件，人民法院应当吊销宅基地使用许可证或者责令土地管理部门重新审批。人民法院受理本案后，对因土地管理部门批准宅基地由他人承包或者私有土地承包，侵犯第三人土地承包经营权引起的纠纷，主要审查申请人是否符合土地管理法第六十二条规定的条件，批准的宅基地是否在法律规定的范围内，是否符合《土地管理法》第四十条第四款规定办理农用地转用审批手续，对撤销或者维持审批文件的，应当考虑土地承包权的规定是否在30年内不变。

未经土地管理部门批准，或者采取欺骗手段，骗取土地建房，侵害集体或者周边当事人利益的。

人民法院不仅可以作出民事判决，限期拆除障碍物和违法建筑，但如能确认村民未经批准擅自建房或采取欺骗手段骗取建房手续，侵害相邻当事人合法权益，如影响相邻房屋的通风、采光、交通等条件的，也可以暂缓诉讼已作出限期拆除违法建筑、撤出土地的决定。人民法院只应当判断建筑材料的权属，不应当判断违法建筑的权属。二是占用宅基地以外的集体闲置土地引发的纠纷案件。人民法院应当通知当地人民政府申请解决。人民法院对政府的决定不服的，可以向人民法院起诉。人民法院不服的，应当作为行政案件受理。如果土地归村集体经济组织所有，也可以直接向人民法院起诉。它可以要求占领者撤出土地并清除障碍物。法院应将该案作为民事案件受理。人民法院应当根据案件的具体情况，对当事人争夺闲置土地造成财产损害赔偿的案件进行处理。三是房屋建设者私自交换宅基地引发的纠纷案件。

如果纠纷是村民根据各自利益私自交换宅基地引起的，人民法院不仅要指出双方行为的违法性，但也建议国土部门取消建房手续，依法收回宅基地。一方或双方已建房的，为避免不必要的损失，经土地管理部门同意，可以责令其变更宅基地登记。例如，在同一规划线路中，带有后盖的房屋的基础衬垫高于具有第一盖的房屋的地基垫，导致雨水和生活用水流入相邻的房屋，或者带有后盖的房屋和设施影响通风；人民法院应当妥善处理因滴水、危及他人房屋安全、在不适当的地方修建厕所、影响环境卫生等引起的纠纷，或者依照法律和合理的精神，擅自堵塞通道或者切断天然水流。对周围造成损害的，责令清除障碍物，消除危险，恢复原状或者赔偿损失。（5）未经共同使用人同意，擅自使用共有宅基地的纠纷。一个宅基地可以由两个以上具有共同使用权的村民共同使用，共同土地的使用面积可以由共同所有人共同享有。因部分共有人未经共有人同意擅自使用共有宅基地发生纠纷的，人民法院受理后可以：，如果发现一方在另一方知情但无异议的情况下建造房屋，责令占用人在不损害他人和公共利益的情况下继续使用宅基地。农村宅基地使用权人与他人合资后发生的房屋产权纠纷，在处理前应当征求土地管理部门的意见。主管部门批准共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权；主管部门不批准双方共同使用宅基地的，房屋的产权可以由宅基地使用权人在确定各自的房屋份额后确定。未经有关部门确认和统一规划，居民用地界线不清的纠纷，人民法院应当通知当事人向当地政府申请解决。当事人对政府的决定不服的，法院应当立案处理。对统一规划确认后的宅基地边界有争议的，人民法院应当直接作为民事案件受理，查明土地使用证上的四个字是否清楚，长宽面积数据是否与实际相符。宅基地使用权的确定，除四至已搬迁外，以四至为准。争议一方土地使用证载明的面积与实际情况不一致，另一方不一致或者不能提供土地使用证的，人民法院应当将宅基地处分给实际情况与土地使用证一致的一方。