第一、企业破产法和有关金融机构破产的专门立法对清偿顺序的规定采取列举式具有很大的局限性，不能穷尽所有的债务，不利于法律的统一正确适用。在已被撤销的金融机构破产债务中，有住房公积金，社会保险资金，扶贫、救灾资金等对公性质债务以及违规压票应转出而未转出的单位存款债务等。金融机构的这些债务本身又有其特殊性，具有优先清偿的法理基础。《企业破产法》和其他有关金融机构破产的特别法均没有对这些债务的清偿顺序做出规定。

第二、按照金融机构类别立法不利于破产金融机构债务清偿顺序的统一。从金融机构立法看，我国《商业银行法》和《保险法》等均根据商业银行和保险公司的特殊性，对债务清偿顺序进行规定。但是，随着混业经营时代的到来，同一金融机构可能同时欠有储蓄存款债务和保险金债务。这表明，现有《商业银行法》和《保险法》所规定的清偿顺序将不适应综合经营时代对债务清偿顺序的要求。

第三、各特别法之间在立法理念上缺乏协调性和一致性。在协调性方面，立法机构没有对在出现不同部门法律所规定的优先权竞合情形下的清偿顺序做出规定。在一致性方面，我国《证券法》对客户持有的证券以及客户保证金债务赋予了取回权，从而确保了证券客户保证金所有人的权利不会因证券机构的破产而受到任何影响。但是一方面，保险法和银行法并未赋予保险金债务和储蓄存款债务取回权效力，保险金债务和银行储蓄存款债务的优先性远远低于证券客户保证金债务。另一方面，我国《证券法》并未对客户保证金债务做出机构债务和自然人债务的区分，对机构和自然人的保护力度相同。而我国《商业银行法》和《金融机构撤销条例》仅给予储蓄存款债务优先受偿权，非自然人存款不享有优先权。然而相比较具有投资性的证券保证金而言，逻辑上法律给予具有生存保障性质的储蓄债务的保护力度应不小于给予证券客户保证金债务的保护力度。在分业经营格局下，不存在适用上的不便，但是综合经营时代的来临这种格局将给法律适用带来阻碍。

第四、特别立法与企业破产法规定的顺序之间缺乏协调性。《保险法》、《商业银行法》和《企业破产法》在债务清偿顺序方面保持了高度的一致。而《证券法》和《信托法》与《企业破产法》无论在债务总类、还是立法模式上均存在很大差异。由于我国破产金融机构债务清偿顺序的特殊规则与《企业破产法》之间的逻辑关系在法律上没有理顺，法律适用的不确定性始终存在。此外，修订后的《企业破产法》新增加了多种优先债务，而立法机构没有及时修订《商业银行法》和《保险法》的相关条款，这必然使特别法与《企业破产法》的不协调程度增大。