(1)交通肇事罪的主体是从事运输的人员，而故意杀人罪为一般主体;

(2)交通肇事罪违反交通法规是故意，但对因此所发生的严重后果及至致人死亡却是过失，而故意杀人罪对致人死亡是故意;

(3)交通肇事罪侵犯的客体是交通运输法规和运输秩序，而故意杀人罪则侵犯了人的生命权。

一、交通肇事罪司法认定要怎么作出呢？

一.本罪与非罪的界限，关键要查清行为人是否有主观罪过，是否实施了违反交通运输管理法规的行为，违反交通运输管理法规的行为与重大交通事故是否具有因果关系等。

二.交通肇事罪与故意杀人罪的区别。

三.交通肇事罪与以危险方法危害公共安全罪的区别。

四.交通肇事罪与其他过失犯罪的区别。

五.交通肇事逃逸的认定。

二、怎样认定交通肇事罪

交通肇事罪怎么认定：（一）要划清交通肇事罪与非罪的界限。应着重把握以下两个方面：一是要看行为人主观上是否有过失。如果行为人主观上有过失，可以构成交通肇事罪；如果行为人由于不能预见的原因引起交通事故，则不存在罪过，因而不能认定是犯罪。二是要看行为人有无交通违法行为，造成了多大的危害后果。行为人必须因交通肇事造成一定的后果，且对该后果负责的条件下，才能构成交通肇事犯罪。比如，如果行为人的行为虽然在客观上造成了某种危害结果，但既没有违法交通管理法规，主观上也不具有过失，则应当属于交通事故中的意外事件。（二）要划清交通肇事罪与其他几种罪的界限。1、要把交通肇事致人重伤、死亡与故意杀人、故意伤害罪区别开来。区别的要点在行为人的主观态度，交通肇事罪是过失犯罪，而故意杀人罪、故意伤害罪显然为故意犯罪。发生交通事故后，以下两种情况历来是按故意杀人、故意伤害罪论处的。一是肇事后，为杀人灭口，而又故意将伤者撞死的；二是肇事后明知被害人被拖挂在车下，为逃逸而不顾被害人生死，致被害人伤残、死亡的。2、交通肇事罪同与以危险方法危害公共安全罪的的界限。交通肇事罪是过失犯罪，且必须造成严重后果；以危险方法危害公共安全罪主观上是故意，行为对象是不特定的多数人，不要求必须造成严重后果。3、交通肇事致人重伤、死亡与过失致人重伤、过失致人死亡罪的区别。交通肇事罪发生于交通运输过程中，与交通工具相联系；后者发生与日常生活中，过失致他人重伤、死亡。4、交通肇事罪与工程重大安全事故罪、重大责任事故罪的区别。区别的要点在于事故发生的时空条件。交通肇事罪发生的时空条件原则上限于公共交通管理的范围。另外，交通肇事罪的主体为一般主体，而工程重大安全事故罪和重大责任事故罪的主体要求为特殊主体。5、此外，要把交通肇事罪与过失损坏交通工具罪的区别是：前罪有违反交通运输法规的法定要求，而后罪没有违规的法定要求。