根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十九条第二款的规定，商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。

1.被许可人均未进行备案时的处理

如果两个被许可人均未对商标使用许可进行备案，按照“未经备案不得对抗善意第三人”的规定，一方面，由于在后的被许可人系善意，在先被许可人获得的使用许可权对其并不具有对抗效力，即不能对抗在后被许可人继续使用相关商标。此时，不应因为在后被许可人未进行备案，而认定其不具有善意。另一方面，在先被许可人当然也属于善意第三人的范畴，在后被许可人同样也不能要求在先被许可人停止使用相关商标。因此，两被许可人互为善意第三人，都不能对抗对方。

那么，谁应最终获得独占使用许可权呢？与物权不同，知识产权具有非物质性和权利行使非排他性的特点。这决定了此类纠纷的处理可以与“一房二卖”有所不同，并非一定要确定独占使用许可权由其中一人行使，而是可以考虑让不同的被许可人共享商标的使用权，即二者共存。首先，这种裁判方式保护了善意第三人的信赖利益，维护了商标许可交易的交易安全。在先被许可人不能要求在后被许可人停止侵权并赔偿损失。其次，这种裁判方式兼顾了在先被许可人的利益，虽然在先被许可人事实上变为非独占的，但其毕竟可以继续使用商标。再次，这种裁判方式最大限度惩罚了商标权人的不诚信行为。与选择让一个被许可人获得独占使用许可权不同，共存的裁判方式将让商标权人同时对两个被许可人承担违约损害赔偿责任，商标权人因此受到的损失是最重的。因此，当被许可人均未进行备案时，被许可人均有权使用相关商标，在先被许可人无权要求在后的善意第三人停止使用或停止侵权，否则将有违“未经备案不得对抗善意第三人”的本义和制度价值。

2.善意第三人已经进行备案时的处理

如果在后的善意第三人签订使用许可合同后，商标权人进行了商标使用许可的备案，根据“已经备案可以对抗”的原则，善意第三人获得的使用许可权具有了对抗其他人的效力，是效力完满的权利，其可以要求在先的被许可人停止使用相关商标。此时，在先被许可人并不构成侵权，无需承担停止侵权甚至赔偿损失的民事责任，仅需负担停止继续使用相关商标的义务。需要注意的是，在认定第三人是否善意时间点的把握上，在先被许可人不得对抗的善意第三人与在后善意第三人经过备案进而对抗在先被许可人的时间点有所不同。就前者而言，只要在后的被许可人与商标权人在签订商标使用许可合同时是善意的，就可以满足善意第三人的要件；就后者而言，在后被许可人要获得对抗在先被许可人的效力必须满足，在向商标局进行备案时是善意的。否则，在后被许可人在签订合同后，如果已经知道存在在先许可的事实，而抢先进行了备案，或者在发生争议后，在后被许可人抢先进行备案，此时其获得的备案不能对抗在先被许可人，不能要求在先被许可人停止使用。

首先，在两个使用许可人均未进行备案的情况下，如果在先的独占使用许可权人对在后的善意第三人提起侵权之诉，其停止侵权并赔偿损失的诉请能否得到支持？有观点认为，如果就同一商标的使用权主张权利而引起冲突，在先获取的使用权应优于在后获取的使用权。因为在先权利的产生无任何瑕疵(双方在缔结许可合同时均无过错)。而在后权利的产生，则基于商标权人的过错(即其违反对在先独占被许可方的承诺，并对在后独占被许可方隐瞒了在先合同事实)，本身即存在瑕疵。一个无瑕疵的民事权利与一个有瑕疵的民事权利发生冲突，自然前者应优于后者。至于在后被许可人的责任承担，有的认为在后被许可人仅承担停止侵权的民事责任，有的认为可以判令其承担赔偿损失的民事责任。另有观点认为，在此情况下，第一和第二被许可人商标使用许可合同均受法律保护，并且由于债权平等，并无位序关系，不因先后而异其效力。前后被许可人均不得主张对方无权使用该商标，前后被许可人可随时向商标权人请求履行债务。

其次，在后的使用许可进行备案的情况下，其可否对抗在先的使用人，进而要求在先使用许可人停止侵权、赔偿损失？使用许可备案的对抗效力是否仅限于后续的使用许可，还是应该具有溯及力？有人认为，法律明文规定商标使用许可是非要式合同，并不以备案为生效要件。因此只要合同有效，在先被许可人就已经取得了商标的使用权，他人包括商标注册人都无权阻止其使用。如果因为要保护善意第三人的利益而忽视了在先被许可人的利益，则属于曲解了“商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人”的本意。有人则认为，公示对抗力的意义在于“未经公示，不能对抗；已经公示，可以对抗”。因此，备案的使用许可优于未备案的使用许可。法院应支持在后备案被许可人的主张，在先被许可人未经同意不得使用系争商标。