按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。

在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

一、股权转让的具体流程

1、向股东以外的第三人转让股权的，由转让股权的股东向公司董事会提出申请，由董事会提交股东会讨论表决；股东之间转让股权的，不需经过股东会表决同意，只要通知公司及其他股东即可。

2、双方签订股权转让协议，对转让股权的数额、价格、程序、双方的权利和义务做出具体规定。

3、在转让股权过程中，凡涉及国有资产的，为防止国有资产流失，应进行资产评估。股权转让的价格一般不能低于该股权所含净资产的价值。

4、对于中外合资或中外合作的有限公司股权转让的，要经中方股东的上级主管部门同意，并报原审批机关审批同意以后方可办理转让手续。

5、收回原股东的出资证明书，发给新股东出资证明书，对公司股东名册进行变更登记，注销原股东名册，将新股东的姓名或名称、住所地及受让的出资额记载于股东名册，并相应修改公司章程。

6、将新修改的公司章程、股东及其出资变更等向工商行政管理部门进行工商变更登记。至此，有限责任公司股权转让的法定程序才告完成。

法律依据：

《公司法》

第一百三十九条记名股票的转让

记名股票，由股东以背书方式或者法律、行政法规规定的其他方式转让；转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。

股东大会召开前二十日内或者公司决定分配股利的基准日前五日内，不得进行前款规定的股东名册的变更登记。但是，法律对上市公司股东名册变更登记另有规定的，从其规定。

第一百四十条无记名股票的转让

无记名股票的转让，由股东将该股票交付给受让人后即发生转让的效力。