上市公司控股股东转让股权的流程如下：

1、以公开的集中交易方式，在依法设立的证券交易所上市交易；

2、由转让方与受让方就股权转让事宜协商一致，签订转让协议；

3、办理交割手续。

一、合同签订履行中要遵循的法律程序

除了股份公司无记名股票转让和上市公司流通股通过证券交易所交易的情况以外，有限责任公司和股份有限公司股东转让股权时，通常都要与受让方签订股权转让合同。所以有限责任公司和股份有限公司的股东一旦决定进行股东转让与受让后，就应当在法律的框架内完整的履行股权转让的程序，我们认为遵从法律程序是最起码的风险防范手段，因法律的设计、制定本身就是为了最大程度地降低交易风险。根据律师办案实践经验，我们总结出在股权转让合同的实际履行中，一般要经历股权转让合同的成立、股权转让合同的生效，再到股权转让合同的实际履行，最后是股权转让的生效这几个步骤及经常会遇到的不同法律问题，将其汇总作出总结以期帮助股权转让当事人各方正确把握，而在实践中常常有人将这几个方面的问题混为一谈，以致于不能正确适用法律来保护自己的权益。

二、自然人股东转为法人股东的方法是什么

自然人变更为法人股东，可以通过自然人与法人之间的股权转让实现，有限责任公司的股权转让需要到工商行政管理部门办理变更登记，相关需要的资料如下：

1、《公司登记(备案)申请书》。

2、修改后的公司章程或者公司章程修正案(公司法定代表人签字)。

3、变更事项相关证明文件：股东向其他股东转让全部股权的，提交股东双方签署的股权转让协议或者股权交割证明。股东向股东以外的人转让股权的，提交其他股东过半数同意的文件；其他股东接到通知三十日未答复的，提交拟转让股东就转让事宜发给其他股东的书面通知；股东双方签署的股权转让协议或者股权交割证明；新股东的主体资格证明或自然人身份证件复印件。

4、已领取纸质版营业执照的缴回营业执照正、副本。

三、公司股东转股需缴纳印花税吗

公司股东转股需缴纳印花税，一般企业之间股权转让缴纳印花税适用税率为万分之五。根据《印花税暂行条例》及施行细则的规定，产权转移书据，是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据。《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发〔1991〕155号)规定，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产，不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。适用税率按所载金额万分之五贴花，同时《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定，产权转移书据由立据人贴花，如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花。

上市公司股权转让缴纳印花税时适用3‰的税率。这里的上市公司是指在上海证券交易所、深圳证券交易所挂牌交易的上市公司。《财政部、国家税务总局关于调整证券(股票)交易印花税税率的通知(财税〔2007〕84号)规定，经国务院批准，从2007年5月30日起，调整证券(股票)交易印花税税率。对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按3‰的税率缴纳证券(股票)交易印花税。这里的证券交易印花税是从普通印花税发展而来的，是专门针对股票交易发生额征收的一种税，是投资者从事证券买卖所强制缴纳的一笔费用。证券交易印花税的征税对象是企业股权转让书据和股份转让书据，纳税义务人是股份转让双方，并由证券交易所代扣代缴。计税依据是双方持有的成交过户交割单。