一、在建工程转让增值税在哪里申报

1、一般纳纳税人转让自建不动产如何确定销售额

一般纳税人转让其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用为销售额。选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。

一般纳税人转让其2016年5月1日后自建的不动产，适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。

可以看出，无论何种情况下转让自建不动产均以取得的全部价款和价外费用为销售额，均不得扣除土地价款。

2、一般纳税人转让取得（不含自建）的不动产如何缴税

转让其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。

转让其2016年5月1日后取得（不含自建）的不动产，适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。

二、在建工程转让的程序

通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：

1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同；

2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续；

3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续；

4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序；

5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。

通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续（外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续）即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。

综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大；相比之下，股权转让程序更为简易、快速。

三、土地使用权与在建工程可以进行转让吗

土地使用权与在建工程可以转让，但是必须要符合法律规定的条件。《中华人民共和国城市房地产管理法》第38条：“以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当符合下列条件：1、按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书;2、按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上;属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。约定房屋建设工程必须完成开发投资总额的百分之二十五以上，是为了避免一些开发商在取得土地使用权之后不去开发，而是进行倒卖，这样会无形增加土地成本，最终会导致房价高企，不利于房地产市场的稳定。