商业秘密司法鉴定的问题有：

(一)关于鉴定机关的资质问题；

(二)关于当事人的举证责任问题；

(三)关于出版物公开和秘密性的关系问题。

一、重大损失如何界定

在关于重大损失如何界定这个问题上，可以在我国最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》看到，有这样明确的规定法律法规条文。重大损失界定一：以泄露公司秘密来牟取大量金钱，价值超过五十万元；界定二：由于泄露公司秘密导致公司倒闭破产；侵害商业秘密，是公司经济受损达到五十万元。以上有涉及一点都可认为有重大损失。

二、对行政处罚可以申请听证吗

可以。当事人要求听证的，行政机关应当组织听证，听证依照以下程序组织进行：一、当事人要求听证的，应当在行政机关告知后3日内出。二、行政机关应当在听证的7日前，通知当事人听证的时间、地点。三、除涉及国家秘密，商业秘密或者个人隐私外，听证公开。四、听证由行政机关指定的非本案调查人员主持，当事人认为主持人与本案有直接利害关系的，有权申请回避。五、当事人可以参加听证，也可以委托一直二人代理。六、听证时，调查人员提出当事人违法的事实证据和行政处罚建议，当事人进行申辩和质证。七、听证应当制作笔录，笔录应当交由当事人审核无误后签字或者盖章。

三、二审申请法院调取证据的时间

二审期间，当事人对有关证据无法自己调取的，且证据对案件事实有关的，可以申请法院调取。申请调取证据要向法院提交书面申请书，载明证据的所在的单位或者保管人，证据与案件事实的关系等情况。《最高法院关于民事诉讼法的解释》第九十四条民事诉讼法第六十四条第二款规定的当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据包括：（一）证据由国家有关部门保存，当事人及其诉讼代理人无权查阅调取的；（二）涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的；（三）当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的其他证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，可以在举证期限届满前书面申请人民法院调查收集。