建设工程合同纠纷中不能扣除税金，税费是由建设单位付给施工单位，由施工单位代缴。按我国的税法体系获得收益的主体依据收益额度进行纳税的。施工单位递交的签证单中的税价是构成其报价总额的一项内容。

一、建设工程合同的订立原则

1、主体平等

合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。任何民事主体在法律人格上也是一律平等的，享有独立的人格，不受他人的支配、干涉和控制。

2、合同自由

当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预，包括缔结合同、选择缔约相对人、选择合同方式、决定合同内容、解释合同的自愿或自由。

3、权利义务公平对等

在经济活动中，合同的任何一方当事人既享有权利，也承担相应义务，权利义务相对等。对于显失公平的合同，当事人一方有权要求法院或者仲裁机构予以撤销或变更。

4、诚实信用

诚实信用，是指民事主体在从事包括合同行为在内的民事活动时，应该诚实守信，以善意的方式行使自己的权利和履行自己的义务，不得有任何欺诈行为。

5、守法和维护社会公益

当事人订立合同、履行合同，应当遵守法律法规，遵守社会公德，不得扰乱社会经济秩序，损害社会公共利益。

二、工程委托合同有哪几种

1、固定总价合同的合同价

固定总价就是按商定的总价承包工程。它的特点是以图纸和工程说明书为依据，明确承包内容和计算包价，并一笔包死。在合同执行过程中，除非建设单位要求变更原定的承包内容，承包单位一般不得要求变更包价。这种方式对建设单位比较简便，因此为一般建设单位所欢迎。

2、按量计价合同的合同价

按量计价合同以工程量清单和单价表为计算包价的依据。通常由建设单位委托设计单位或专业估算师（造价工程师或测量师）提出工程量清单，列出分部分项工程量。

例如挖土若干立方米，填土夯实若干立方米，混凝土若干立方米，墙面抹灰若干平方米等等，由承包商填报单价，再算出总造价。因为工程量是统一计算出来的，承包商只要经过复核并填上适当的单价就能得出总造价，承担风险较小；发包单位也只要审核单价是否合理即可，对双方都方便。

目前国际上采用这种承包方式的较多。在我国，作为工程造价计算方法的改革方向，已开始推行。

3、单价合同的合同价

在没有施工详图就需开工，或虽有施工图而对工程的某些条件尚不完全清楚的情况下，既不能比较精确地计算工程量，又要避免凭运气而使建设单位和承包单位任何一方承担过大的风险，采用单价合同是比较适宜的。