根据法律规定，章程修改权限及程序有：

1、董事会或百分之十以上表决权股东提议修改公司章程；

2、将修改公司章程的提议通知股东；

3、三分之二以上股东会通过股东会决议；

4、特定章程变更事项应经主管机关审批；

5、特定章程变更事项的公告；

6、公司章程变更登记。

有限责任公司章程修改程序的规定

《公司法》第七十四条：依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。这是修改公司章程不需股东会表决的唯一例外。需要在公司性质、股东以及出资金额和方式，股东会、监事或监事会等方面重新作出规定，可以直接参考当地工商局网站上可以下载的标准格式文本。

公司章程修改的合法程序

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。

2、股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准；属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准。

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案。

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。

6、修改章程需向公司登记机关提交股东会决议及章程修正案，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。

《公司登记管理条例》第二十七条规定，公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：

（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书；

（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定；

（三）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。