商标注册主管部门是国家商标局，办理商标注册申请流程主要有：

1、先对想要申请的注册商标进行查询申请，主要查询商标是否有相同或者近似的，如果没有可以继续进行商标注册申请工作，如果有相同或者近似情况产生的，商标申请人需要更改其他名字重新进行查询，直到没有相同或者近似的情况；

2、准备商标申请资料，商标查询无误后，需要开始准备商标注册申请资料；公司申请的，需要公司营业执照复印件、商标图样、注册商标所使用的商品或者服务的范围（商标注册类别的选择）；自然人申请商标注册，需要个体工商营业执照及个人身份证明文件，以及注册商标所使用的明确商标注册类别的选择；商标图样等；

3、提交商标注册申请并下发商标受理通知书，由商标注册代理公司办理商标的，需要商标代理公司顾问把商标申请人资料提交至商标局；由申请人自行办理商标的，直接有商标申请人将资料提交至商标局；商标局受到商标提交资料后，会在规定时间内下发商标受理通知书，表明商标注册已经开始受理；

4、商标局审查阶段，审查阶段大致用时为十三至十五个月左右，其中形式审查需要大概1－3个月；实质审查需要10个月左右；

5、公告期，公告期包括初审公告和注册公告。商标实质审查合格后，进入初审公告阶段；初审公告期为3个月，也叫异议期。如异议或者异议裁定失败的，进入注册公告期。商标注册申请整理流程顺利的话，需要大概一年半到两年的时间。

未注册商标与注册商标的区别是什么

首先，注册商标所有人可以排除他人在同一种商品或类似商品上注册相同或近似的商标；而未注册商标使用人则无权排除他人在同一种商品或类似商品上注册相同或近似的商标，若其不申请注册，就可能被他人抢先注册，并被禁止继续使用该商标。

其次，注册商标所有人享有商标专用权，当注册商标被他人假冒使用、构成商标侵权，商标权人可以请求非法使用人承担法律责任；而未注册商标使用人对未注册商标的使用只是一种事实，而非一种权利，其无权禁止他人使用，先使用人无权对第三人的使用援引商标法请求诉讼保护。

再次，在核定使用的商品上使用核准注册的商标，是商标所有人的权利，商标权人行使这些权利，不涉及他人商标专用权的问题；而未注册商标的使用一旦造成与他人的注册商标相混同，就易构成商标侵权，应当承担相应的法律责任。

《中华人民共和国商标法》

第六十一条对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处；涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。

第六十二条县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：

（一）询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况；

（二）查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；

（三）对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查；

（四）检查与侵权活动有关的物品；对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。

工商行政管理部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。在查处商标侵权案件过程中，对商标权属存在争议或者权利人同时向人民法院提起商标侵权诉讼的，工商行政管理部门可以中止案件的查处。中止原因消除后，应当恢复或者终结案件查处程序。