案件中显现出以下几个问题是行政机关败诉的原因：

存在的问题

(一)程序方面的问题

①是主体不全。有的行政机关在作出行政行为时，没有把行政相对人全部列出，而只列了一部份。如房屋拆迁行政裁决书，只是把户主作为了被拆迁人，而没把其他财产共有人列为被拆迁人。②是错列主体。有的行政行为本来指向的是经营者，而行政行为的文书上行政想对人却写的经营者之外的人，如其配偶和家庭成员;有的处罚机关本来是委托机关，而在处罚时却列为了处罚的主体。③是收集证据的主体违法。法律规定调查检查须两个人进行，而行政机关往往只有一人实施调查检查;有的调查笔录是同一个人在同一时间却在不同地点询问不同的人;有的却是不具备资格的协助执法的人在实施调查检查;有的笔录上的调查人员根本不在现场而在其他地方开会;这样收集的证据显然是不能作为行政行为的依据的。④是执法人员不按规定出示执法证件。有的工作人员以为身着制服就不用出示证件了，却不知道证明其身份的不是制服而是证件。⑤是强制措施不出具法律文书，或者先采取强制措施后出据文书。⑥是处罚不出据文书，不告诉诉权、期限、不给当事人申辩和陈述的权利。有的收缴罚款只出收据，更有甚者出据“白条子”，而不出处罚文书，不告诉诉权、期限，也不给当事人申辩和陈述的权利，驳夺了当事人的知情权和救济权。⑦是立案不经领导批准，处罚未经领导班子研究决定。⑧是送达文书不规范。有的作留置送达无在场人签字证实，有的用邮寄送达被邮局退回就没再送。⑨是举证不规范，应诉不积极。有的行政机关不按规定的期限举证导致败诉;有的消积应诉，出庭人员连案件的基本情况都不清楚;有的该举证的不举证，该解释说明不解释说明导致败诉。

(二)实体方面的问题

①是不严格按照相关规定办事。如刘*燕等诉武胜规划和建设局规划许可一案，被告在规划时不按国家规定保证相邻权，导致败诉。②是不履行法定职责。有的行政机关该颁发许可证执照的不颁发，有的该办理登记的不按时办理，该履行安全保障的不履行，总是以这样或那样的非法定理由推脱。③是错误履行职责。本来应由管辖生产领域的行政机关处理的事，管理流通领域的行政机关却插手管理、处罚,本来上限只能罚200元，结果处罚500元。④是显失公平。有的行政机关在处罚时，相同的事对有的人处罚款8000元，而对有的人处罚14280元，这种处罚显然失去了公平公正。