一、对涉及国家秘密的专利申请的保密问题，应按照国家有关规定办理。这里讲的国家有关规定，包括《中华人民共和国保守国家秘密法》的规定，也包括国务院制定的专利法实施细则等有关行政法规中的规定。

二、全国人大常委会于1988年9月制定了《中华人民共和国保守国家秘密法》，该法规定：国家秘密是关系国家的安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。该法对保守国家秘密的基本制度作了规定。申请专利的发明创造，涉及依法确定为国家秘密的事项的，应当依照保密法的有关规定执行。

三、按照专利法实施细则的有关规定，国防系统各单位申请发明专利，涉及国防方面的国家秘密需要保密的，其专利申请由国务院国防科学技术主管部门设立的专利机构受理;国务院专利行政部门受理的涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国务院国防科学技术主管部门设立的专利机构审查，由国务院专利行政部门根据该专利机构的审查意见作出决定。对国防专利以外的其他需要保密的专利申请，国务院专利行政部门在受理后，应当将需要进行保密审查的申请转送国务院有关主管部门审查;有关主管部门应当自收到该申请之日起4个月内，将审查结果通知国务院专利行政部门;需要保密的，由国务院专利行政部门按照保密专利申请处理，并通知申请人。国务院还于1990年7月发布了《国防专利条例》，该条例规定，国防专利是指涉及国防利益以及对国防建设有潜在作用需要保密的发明专利。国防专利申请统一由国防科工委国防专利局受理和审查;经国防专利局审查认为符合本条例规定的，由国务院专利行政部门授予国防专利权。国防专利局受理的国防专利申请，在受理、审查、复审、授权、转让、实施、调处纠纷和诉讼的过程中，在未解密前按照《中华人民共和国保守国家秘密法》和有关主管部门的规定进行管理。绝密级涉及国防利益的发明不得申请国防专利。该条例还对国防专利的实施、国防专利申请权及国防专利权的转让等事项作了具体规定。