实践工程款结算纠纷处理过程中，通常存在的纠纷案由主要有以下几方面问题。

（一）工程量纷争

工程量纷争一般与工程合同生效后的工程量增加有直接关系，但是这一类工程量增加未能做出及时的数据记录。并且也有很大可能是其未能与三方参建单位进行联系沟通，如隐蔽工程的工程量很容易被忽视，如果记录、处理、交流不及时，很肯能让发包商提出质疑。

（二）竣工决算时间的争议

建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。竣工在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的竣工要复杂得多。承包方往往认为合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有竣工为理由，而拒收承包方的决算报告，发包方就以决算不成熟为由拒付工程款。

（三）合同违约的争议

无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。

（四）材料价格市场波动的问题

工程项目在投标阶段一般会考虑建筑原材料价格5％一10％左右的涨幅度，但受材料市场价格波动影响，某些诸如钢材、涂料等原材的价格上涨幅度会受到影响，上涨程度涨至超出正常预算价格的三十个百分点以上，面对这三十个百分点的剧烈价格波动，如果未能与发包单位协商意见取得一致，就会引发工程款结算问题的矛盾纠纷。

（五）总包和分包争议

所谓分包是指，总承包商与建设单位进行商议，取得对方批复后委托一批专业劳务单位进行相关责任分工。如果此时分包全额工程款已经结算处理完毕，发生争端的几率或可能性就会降低。但是，如果这时发包一方只展开了部分结算，则很容易促成总包单位与分包单位之间引起争执。除此之外，两者之间除了结算工程款外，还有可能在管理费上出现争执。同时，建设单位如果在争端已经发生时也参与进来，暗示某一方单位，此纠纷事件的处理必然会更加繁复。

（六）尾款相关争议

工程项目待到竣工交付后，经济成本承包责任人应当履行合同的条款要求对工程进行保修。而为了确保合同下的承包单位能够履行自身义务，发包一方一般会在此阶段预先交付大部分的工程款，目的是为了让承包单位履行维修义务后在交付剩余款额。而这一阶段之所以出现争端。是工程投产运营前后保修义务未尽到而引起的。

工程款的结算方式

结算方式

中国采用的工程结算方式主要有以下几种：

（1）按月结算

实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。

（2）竣工后一次结算

建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。

（3）分段结算

即当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。

（4）目标结算方式

即在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。也就是说，将合同中的工程内容分解成不同的验收单元，当施工单位完成单元工程内容并经业主经验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。

在目标结算方式下，施工单位要想获得工程价款，必须按照合同约定的质量标准完成界面内的工程内容，要想尽早获得工程价款，施工单位必须充分发挥自己的组织实施能力，在保证质量的前提下，加快施工进度。

（5）结算双方约定的其他结算方式

实行预收备料款的工程项目，在承包合同或协议中应明确发包单位（甲方）在开工前拨付给承包单位（乙方）工程备料款的预付数额、预付时间，开工后扣还备料款的起扣点、逐次扣还的比例，以及办理的手续和方法。

按照中国有关规定，备料款的预付时间应不迟于约定的开工日期前7天。发包方不按约定预付的，承包方在约定预付时间7天后发包方发出要求预付的通知。发包方收到通知后仍不能按要求预付，承包方可在发出通知后7天停止施工，发包方应从约定应付之日起向承包方支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。