(一)擅自发行股票、公司、企业债券罪与集资诈骗罪的区别擅自发行股票、公司、企业债券罪与集资诈骗罪的区别在于：

1、侵害的客体不同。集资诈骗罪侵犯的主要是公私财产的所有权，同时也侵犯国家正常的金融管理秩序；而擅自发行股票、公司、债券罪侵犯的主要是证券市场管理制度。

2、犯罪目的不同。集资诈骗罪是以非法占有公私财产为目的，从一开始就根本不想偿还非法发行股票、公司、企业债券所骗取的款项，就是说发行股票、公司、企业债券只是其诈骗、获取公私财产的一种手段和借口。而擅自发行股票、公司、企业债券罪的主观方面是为了非法募集生产经营资金，并准备按约定给付股息、偿还债券本息，不具有非法占有的目的。

3、客观方面不同。集资诈骗罪采取的是隐瞒真实情况、捏造虚假事实的手段，以发行股票、公司、企业债券的名义，欺骗公众，骗取他人的资金；而擅自发行股票、公司、企业债券罪并没有伪造事实、隐瞒真相，而是不符合发行股票、公司债券的条件而擅自发行，或者虽然符合发行条件，但未经主管部门的批准而发行。

(二)擅自发行股票、公司、企业债券罪与欺诈发行股票、债券罪的区别

1、擅自发行是指未经批准而自作主张发行，既可以是申请了发行而未经批准，也可以是未申请批准就加以发行。申请了发行而未经批准的行为又包括申请在有关主管部门未作出批准前面加以发行和已经作了不批准的决定后仍决意发行。而欺诈发行则是制作虚假的招股说明书、认股书，公司、企业债券招募办法发行的行为。形式上是经过有关主管部门批准的，程序上似乎合法，只不过是其采取了欺诈手段而欺骗有关主管部门作出批准决定的而已。

2、擅自发行在程序上是不合法的，至于是否具有发行的实质条件，则不作要求。符合发行的实质条件，未经批准而发行也可构成犯罪；不符合发行的实质条件，自然更不能例外。而欺诈发行，则一般是不符合发行的实质条件而发行。

3、擅自发行中既可能以欺诈的行为发行，即通过制作虚假的招股说明书、认股书，公司、企业债券募集办法发行，亦可以不采取上述的欺诈手段发行。对于擅自发行中又采取了欺诈手段的，则又牵连触犯欺诈发行股票、债券罪。从理论上来讲，应择一重罪定罪处罚，但由于两罪的法定刑完全一样，考虑到擅自发行中的欺诈发行行为实属擅自发行的手段牵连行为，对此，以擅自发行股票、公司、企业债券罪定罪量刑则更符合法理。