《刑事诉讼法》第140条第4款规定，对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足的，不符合起诉条件的，可以做出不起诉的决定。这种不起诉的适用前提是案件必须经过补充侦查。这里需要指出，所谓“可以”做出不起诉决定，并不意味着检察机关有权在起诉与否之间做出自主选择，因为证据不足属于不具备起诉条件的情况，因而不能提出起诉。在此意义上，所谓“可以”一词的表述并不准确，科学的含义是“应当”。

依据最高人民检察院的《规则》的规定，具有下列情形之一的，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪或需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件，可以做出不起诉决定：

1、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

2、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的

3、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;

4、根据证据得出的结论具有其他可能性的。

三、二审法院审理案件后如何处理

第二审人民法院对不服第一审判决的上诉、抗诉案件，经过审理，应分别作出以下处理：

(一)维持原判。对认定事实清楚和适用法律正确、刑事案件量刑适当的原审有罪判决和正确的原审无罪判决，应裁定驳回上诉或者抗诉，维持原判。

(二)直接改判。有两种情况：

1、原判认定事实没有错误，但适用法律有错误或者量刑不当的，应当改判。

2、原判决认定事实不清楚或者证据不足的，通过第二审开庭审理，查明事实后直接改判。

(三)发回重审。发回重审有两种情况，一是原判决认定的事实不清楚或者证据不足的，可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判;二是发现具有刑事诉讼法第191条规定的违反诉讼程序情形之一的，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。包括：

1、违反有关公开审判规定的;

2、违反回避制度的;

3、剥夺或限制了当事人的诉讼权利，可能影响公正审判的;

4、审判组织的组成不合法的;

5、其他违反法律规定的诉讼程序，可能影响案件公正审判的。

刑事案件在审理的过程中，要是出现证据不足的情况，那么就无法对被告人定罪量刑。由于被告人不需要自己证明自己无罪，因为往往收集证据来举证的责任就是在公诉人身上。当然，如果是在审查起诉阶段，检察院就发现有证据不足的情况，此时可以结合实际要么退回侦查机关补充侦查，要么就直接以证据不足不予起诉。