一、专利保护的缺陷表现为如下四个方面：

1、专利保护有期限性

根据我国《专利法》规定，发明创造包括三类，即发明、实用新型和外观设计。其中发明专利权的保护期限为20年，实用新型专利权和外观设计专利权的期限为10年。这表明，一旦发明创造获得专利权后，最多只能获得20年的法律保护。超过这一期限，企业的发明和技术创新将被置于公众领域，无偿贡献给社会，任何企业均可免费使用该发明或技术创新。

2、专利保护破坏秘密性

因为申请专利必须将企业的发明创造公之于众，使该技术成为公知技术，这样，任何人都可以轻易获得专利技术，因此，专利技术的公开化，无疑给不法企业侵犯专利权提供了现实条件。

3、专利保护会使得企业失去竞争力

科研成果被授予专利后，其他企业可以在已获得专利的技术基础之上，再发展成新的发明创造，获得新的专利。尽管企业的专利仍然受到法律保护，但是同更新的技术相比已经处于劣势，企业将失去竞争力。

4、专利保护有代价

申请专利需要支付一定的费用，而获得专利后也要缴纳年费。

二、对于科研成果，企业应根据不同情况，选择专利保护或商业秘密保护。

那么，企业如何选择科研成果法律保护方式呢?

1、反向工程的难易程度

反向工程是指通过对产品进行解剖和分析，从而得出其构造、成分以及制造方法或工艺。反向工程获得的技术是合法的。对于企业的科研成果，如果其他企业不可能通过反向工程或者很难通过反向工程而获得该技术，那么，企业宜选择商业秘密保护；对于容易被其他企业反向工程获得技术的科研成果，企业宜选择专利保护。

2、科研成果价值的期限长短

现代科技发展迅速，有时不到半年时间，技术就已被淘汰，因此，企业应评估自己企业的科研成果价值的期限。如果该科研成果的期限不超过专利法保护的期限，那么，企业可以选择专利保护。但是，对于企业的科研成果如配方，会长期源源不断地为企业带来经济利益，那么，企业可以选择商业秘密保护，因为，商业秘密保护不受期限限制。例如，美国人彭巴顿1886年5月发明了可口可乐饮料配方，距今已一百多年，一直没有申请专利。但这项配方发明采用技术秘密保护获得的经济利益，比申请专利保护取得的经济利益不知要大多少倍。

3、能够获得专利的可能性高低

我国专利法对授予专利规定了严格的三要件即新颖性、创造性与实用性。企业通常会有一些技术改进或革新等，但又不具备专利的条件。如果企业将这些改进或革新申请专利，而结果未被授予专利，那么该技术改进或革新将变成公知技术，任何企业均可任意使用。我国近几年专利申请获得批准的专利约为25%，也就是说国家现受理的专利申请大部分并未授予专利，因此，企业应事先分析该科研成果被授予专利的可能性，对于被授予专利可能性高的科研成果，可以选择专利保护，对于被授予专利可能性低的科研成果，宜采用商业秘密保护。

4、经济价值大小程度

由于专利保护需要企业向专利部门支付一定的专利费用，因此，从企业利益考虑，对于经济价值低的科研成果不必选择专利保护而应选择商业秘密保护；而对那些经济价值高且市场需求量大的产品或技术应申请专利保护。