如果由于土地存在争议、纠纷等问题导致土地未能确权登记，待争议解决之后，将可以进行确权登记。但如果是存在以下三类情况，将不予确权，土地将会被收回：

1、未经许可开荒的土地；

2、违法占用耕地、基本农田作为宅基地建房；

3、废弃、闲置宅基地。

一、新小产权房有哪些政策

根据小产权房近日政策，小产权房不得发证,要严格规范农村集体土地确权登记发证行为，严禁搞虚假土地登记，严禁对违法用地未经依法处理就登记发证。明确规定，对于借户籍制度改革或者擅自通过村改居等方式非经法定征收程序将农民集体土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或小产权房等违法用地，不得登记发证。对于不依法依规进行土地确权登记发证或登记簿规范造成严重后果的，严肃追究有关人员责任。对于在确权登记中出现的土地纠纷矛盾，农村集体土地确权登记的原则是纠纷矛盾不调解完，将不予以登记发证。

二、与他人发生宅基地纠纷时应如何解决

与他人发生宅基地纠纷时，首先可以与他人协商解决。也可以找当地领导和乡土地管理部门帮助处理。如果解决不了，可以向当地人民法院提起诉讼，要求保护自己的合法权益。

《中华人民共和国宪法》和土地管理法都明确规定，农村和城市郊区的土地所有权除法律规定属于国家所有的以外，都属于集体所有，个人只享有使用权。但个人对农村土地的使用权同样是受到法律保护的，任何单位和个人都不得非法侵占。

我国《土地管理法》中对宅基地纠纷的解决办法，主要有以下三种。

(1)协商解决。土地管理法第16条第1款规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。”据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。

(2)行政解决。土地管理法第16条第2款规定：“单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。”该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。所以，公民之间的宅基地纠纷，可以请求政府有关部门予以解决。

(3)司法解决。土地管理法第16条第3款规定：“当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”请求法院司法解决要分两种情况：一是“宅基地确权”纠分，即公民之间就土地使用权和所有权的归属发生的纠纷，如果当事人一方或双方提出宅基地权限不清，边界不明，要求确定宅基地的权属时，按照土地管理法第16条的规定，必须先经过有关行政机关的确权处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。另一种是“宅基地侵权”纠纷，即当事人一方提出对方侵犯了自己对土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。

此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会（包括城市的居民委员会和农村的村民委员会）的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互谅互让，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。人民调解是现行调解制度的一个重要组成部分，是我国法制建设中一项独特的制度。

三、土地征用后宅基地确权对房屋补偿还有补偿吗

宅基地使用权的取得具有无偿性、福利性。权利人取得宅基地使用权后，应积极予以利用。对于权利人取得宅基地使用权后长期闲置不用的，应视为其对权利的放弃。为有效利用土地，应由集体经济组织无偿收回。对于收回的宅基地，如已经办理过确权登记，应当由集体经济组织报县人民政府批准，注销其土地登记。农户再申请宅基地建房时，重新依照审批程序批准，待房屋建成并实地检查合格后，按照有关规定登记发证。但对其所建造的房屋原则上是不可以转让、出租和抵押的，其他人只能通过继承房屋的方式间接取得房屋存续期间的宅基地使用权。