以补充协议为准。合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。

《民法典》第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。

法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。

第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

一、补充协议主体与主合同主体要一致吗

顾名思义，补充协议应当是主合同一部分。如果补充协议里面的主体发生变化，根据合同的相对应，那么权利义务的主体发生变化了，就是新的协议了。新的协议也许有法律效力，但是与原来的合同就没有关系了。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

二、补充协议与主合同的效力

（一）主合同与补充协议

主合同与补充协议一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充协议，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充协议的编号往往是以主合同为依托而表达的，如＿＿号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充协议这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

（二）补充协议的效力

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

（三）补充协议与合同变更

补充协议对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。

补充协议对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。

比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充协议。

这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。