员工违反竞业限制协议应当支付的经济补偿金按协议约定办理。

根据《劳动合同法》第二十三条、二十四条规定，用人单位可以与高级管理人员、高级技术人员和其它负有保密义务的人员，在劳动合同或者保密协议中约定保密事项，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内，不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务，由用人单位按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

竞业限制区域、期限、经济补偿和违约金数额由用人单位和劳动者约定，但禁业限制期限不得超过两年。竞业限制没有约定的，违约金一般按实际造成的损失支付；也有的地区采用经济补偿金的3倍支付。

《劳动合同法》

第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

第二十四条竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。

在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

一、竞业限制主体问题

由于立法对竞业限制的主体问题没有规定，可能出现竞业限制的主体范围过宽的现象。从而导致用人单位不论员工从事何种岗位、是何种文化程度以及是否接触到商业秘密，均一律签订竞业限制协议，那么这种做法就明显不妥。这使得用人单位对其利益不会造成威胁和损害的人员也给予了竞业限制，既损害了他们的劳动权利，支付了不必要的经济补偿，增加企业的成本。

为避免这种状况，如果劳动者是一般员工，在工作中不可能也不会接触到企业的商业秘密，则企业无必要与员工签订竞业限制协议。用人单位应当只选择那些接触、了解或掌握企业商业秘密的人员及其高级管理人员签订竞业限制协议，就可以达到保护企业核心秘密和经营利益的目的。

根据2007年6月29日人大常委第二十八次会议通过的《中华人民共和国劳动合同法》中第二十四条明确规定∶竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定。

二、竞业禁止

公司董事、经理竞业禁止制度和竞业限制虽有着密切联系，但二者在实质上还是有较大区别。

1、义务的性质不同：前者是法定义务，已有法律明文规定在先，只要是董事、经理，就必须履行竞业禁止的义务；后者是约定义务，只以约定为前提，如事先无约定，择业就不受限制。

2、承担义务的主体不同：前者是公司法中规定的董事、经理，部门经理而普通员工无需承担义务；后者是公司的员工都可以成为竞业限制的对象，其中是包括董事、经理，部门经理的。

3、承担义务的时间不同：前者是董事经理任职期间，后者是与原单位解除劳动关系以后的若干时间。

4、承担责任的形式不同：前者是侵权责任，后者可能是违约责任，也可能是违约责任与侵权责任的竞合。