在建工程抵押通常设定于房地产项目建设初期、商品房预售前，此时工程项目属于尚未形成的房屋，相对现楼抵押来说，在建工程抵押法律关系更趋复杂，不确定因素较多，隐含更多的风险。主要有以下几个方面：

（一）抵押权人的风险

对抵押权银行来说，最大的风险就是工程款优先受偿权优于抵押权问题。建设工程价款优先受偿权作为法定优先权，不仅是由法律直接予以规定而不是由当事人协商确定，而且无须办理登记手续，其受偿额不属公示信息，从而导致抵押权人对自己的风险无法预测和控制。在建工程存在烂尾和完工后成为违法建筑的可能性则是抵押权人面临的另一个风险。

（二）预购人的风险

我国很多城市允许已批准预售的商品房项目办理在建工程抵押，或允许办理在建工程抵押登记后预售。这样将存在预购人、抵押人、抵押权人、施工单位相互之间错综复杂的法律关系，给预购人带来风险。一方面，我国现行法律对于预购商品房备案的法律性质还不够明确，没有赋予物权性质，购房合同签订后，预购人作为期房的债权人，与抵押权人同样面临工程款优先受偿问题。另一方面，因批准预售时房屋尚未建成，缺少诚信的开发商很容易利用政府管理的漏洞，以更改房屋编号、标识等手段，将已预售期房再设定抵押，或将已设定抵押的期房隐瞒事实再行出售，使预购人蒙受损失。这种做法在房地产市场处理不稳定时期时尤其可能出现。

（三）登记机关的风险

登记机关在办理在建工程抵押登记时面临的风险主要源自三个方面。

首先是我国现行房地产登记制度问题。因我国法律未明确界定房地产登记机关办理登记时应采取何种审查方式，以及应承担多大的法律责任，登记机关在审查范围上无法可依，导致频频被拖入权利人经济纠纷甚至被判经济赔偿的困境。

其次是源于在建工程抵押登记的特殊性。在建工程抵押登记涉及预售审批管理、预售款资金监管、预购期房合同备案（有些地区采用预告登记）以及拆迁安置管理衔接和协调，这使得登记过程比一般物权登记复杂很多，在实践中极易出现失误。

此外，由于我国房地产市场起步晚，发展快，很多城市的房地产主管部门管理水平滞后，信息化程度不高，是在建工程抵押登记引发问题的又一隐患。虽然一些发达城市采用了商品房网上销售系统、在建工程抵押网上申报制度，但毕竟未普及，而且未形成系统的操作规范。