农民房买卖会存在很大的法律风险，主要有：

1、房产可能是违法建筑。村民建造农民房应当办理相应的证书，深圳常见的是“两证一书”，即建房土地使用证、建筑许可证和居民兴建住宅用地批准通知书。现在关外买卖的农民房，有些是村民私下抢建的，根本没有合法建造的手续。在实践中，还有村民和合作方使用早已过期的证书、或者是超过证书规定面积私下加建的，这些都属于违法建筑。如果是违法建筑，这种风险非常大，可能被政府强制拆除，将来拆迁，政府也可能不给予补偿。如果该房屋能够办理房产证书（绿本），表明政府对产权人的权利是认可的，一般不会是违法建筑。

2、农民房无法过户，不能将房产证办至买房人的名下。即使买房人签了购房合同付完房款，并且实际搬迁进去一直居住，但按照目前国土局的作法，这种房产不能办理房产过户手续。农民房买卖的现象在深圳特别是关外还比较多，只要原先的买房人没有异议，买房人也可以一直居住下去。根据我国法律的规定，不动产物权以登记为准，由于农民房没法过户，因此，即使买房一直在居住，但这个房产其实一直是原建房人的房产。

3、房产买卖合同可能会被认定为无效。理由是农民房转让必然导致宅基地使用权的转让，而宅基地使用权交易是法律所禁止的。关于农民房买卖合同是否有效的问题，这个在理论上还有不同看法，有认为有效的，也有认为无效的。但在司法实践中，如果买房人是本地集体组织户口的村民，可以认定合同有效；如果买房人是城镇户口居民或者非当地户口的村民的一般认定合同无效。农村房屋买卖程序流程如下：

1、房屋买卖应经集体即村民委员会书面同意。

2、如系共有房屋，必须征得其他共有人同意。

3、应提交户口簿、居民身份证及土地证、房产证等相关材料的原件。

4、应到产权登记部门查看房屋产权是否存在瑕疵：如是否存在抵押等担保、是否有人民法院采取查封等财产保全措施。

5、应订立书面买卖合同、并办理审批、过户等手续。房屋买卖合同应由相关职能部门审批，并办理“宅基地证”或“集体土地使用证”的过户更名手续；还应到房产管理部门依法办理“房产证”的过户更名手续。