一、司法赔偿程序存在的问题

1、司法机关赔偿确认制度相互矛盾

目前在实践中争议最大的是，对检察机关以证据不足作出的存疑不起诉案件或人民法院以证据不足作出的无罪判决，赔偿请求人申请赔偿的，法院赔偿委员会根据最高人民法院的司法解释和批复，认为不起诉决定书或人民法院作出的无罪判决书应当视为确认文书，应当受理赔偿请求人的赔偿申请;检察机关认为应当先经其确认是否违法才能进入赔偿程序，其依据是最高人民检察院《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条第二款关于对人民检察院因证据不足作出撤销案件决定书、不起诉决定书或者人民法院因证据不足作出已经发生法律效力的刑事判决书、裁定书申请赔偿的，人民检察院的逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形，应当依法进行确认的规定。由于最高人民检察院的该规定与最高人民法院的司法解释和批复不一致，法院要执行最高法院的司法解释和批复，而检察院要执行最高检察院的司法解释。

2、司法赔偿程序确认制度繁复

在我国，检察院是法律监督机关，公安局长有的是政法委书记，法院的中立、独立体现困难。公安、检察机关认为应当由他们确认的赔偿事项，如果人民法院赔偿委员会直接受理了，则要么找人大、要么找政法委、要么以不履行赔偿金相威胁。《国家赔偿法》在司法赔偿部分如此设计确认制度带来的结果是，较多的赔偿义务机关把确认程序作为挡箭牌，利用确认程序来规避赔偿，对赔偿请求人的确认申请，作出两种处理方式，一是应当确认违法而确认为不违法，进入不了赔偿程序，二是置之不理，不作结论，仍然进入不了赔偿程序。赔偿请求人向其上一级机关申诉，得到纠正的也为数甚少。由于进入不了赔偿程序，有的被迫放弃，有的便在确认申诉中疲于奔命，浪费时间。这样极大地增加了受害人的诉讼成本，更重要的是由于侵权问题长时间不能得到解决，则《国家赔偿法》在这个问题上没有起到社会减压阀的作用，反而增加了官民矛盾，疏远了官民关系，国家机关必将为此付出了极大的道德成本、社会成本甚至是政治成本。为数较少的侵权机关即使作出了确认违法或不违法的决定，但各机关对确认的标准、方式、确认文书的格式以及适用法律等不统一，导致五花八门的确认出现，这严重影响了司法机关的形象。赔偿法所设立的确认制度极大地阻碍了司法赔偿工作的顺利开展，使《国家赔偿法》保护公民、法人和其他社会组织的合法权益的宗旨、目的难于实现。

3、刑讯逼供现象屡禁不止