补充侦查的期限应当是一个月。有人认为补充侦查可以是两次，每次期限一个月，两次期限则为两个月，这种理解是错误的。对于被羁押的犯罪嫌疑人，如果在审判前羁押时间过长，对于犯罪情节轻微的犯罪嫌疑人，往往容易超过其应判处的刑期。故在刑事诉讼法中，为避免此类情况的出现，才规定了对事实不清、证据不足补充侦查的期限。因此，不管是一次补充侦查还是两次补充侦查，都必须依法在一个月内完成。如经过两次补充侦查仍不能查清犯罪事实的，应当作出不起诉决定。

一、退回补充侦查第二次超期限怎么处理？

退回补充侦查第二次超期限的情况下，应当释放当事人。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

补充侦查，是公安机关或者人民检察院依照法定程序，在原有侦查工作的基础上，对案件中的部分事实情况作进一步调查、补充证据的一种诉讼活动。案子到检察院审查起诉，重新打回公安进行的才算补充侦查。

二、二次退侦后多久到法院上诉

二次退补后如果还是证据不足可以此为由申请取保候审或者不起诉。退补公安机关一个月返回检察院，审查起诉算延长审理也不超过四十五天到法院。

我国刑事诉讼法规定：

第一百三十八条人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。

人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。

第一百三十九条人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见。

第一百四十条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

第一百四十一条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。

第一百四十二条犯罪嫌疑人有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中扣押、冻结的财物解除扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、行政处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

第一百四十三条不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。