商铺拆迁补偿时是按商铺价值作赔偿的，但是现在出现了很多住宅改作商铺经营的情况，被拆迁房屋实际用途与房地产权证登记用途不符，依据规定以房地产权证注明用途为准。

拆迁人完成了对拆迁范围内的所有被拆迁人的房屋补偿安置工作后，要对房屋进行拆卸，必须到拆迁房屋所在地区级建设和市政局办理房屋拆卸备案手续，并受区城管执法部门对房屋拆卸现场的监管。被拆迁人如发现拆迁人在未办理有关合法拆卸备案手续的情况下进行违法拆迁工作，可直接到区级建设和市政局或区城管执法部门进行投诉。

商铺拆迁补偿的相关法律规定：

1、拆迁人应当依照本条例规定，对被拆迁人给予补偿。

拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。

2、拆迁补偿的方式可以实行货币补偿，也可以实行房屋产权调换。

3、货币补偿的金额，根据被拆迁房屋的区位、用途、建筑面积等因素，以房地产市场评估价格确定。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。

4、实行房屋产权调换的，拆迁人与被拆迁人应当依照本条例第二十四条的规定，计算被拆迁房屋的补偿和所调换房屋的价格，结清产权调换的差价。

拆迁非公益事业房屋的附属物，不作产权调换，由拆迁人给予货币补偿。

5、拆迁公益事业用房的，拆迁人应当依照有关法律、法规的规定和城市规划的要求予以重建，或者给予货币补偿。

6、拆迁租赁房屋，被拆迁人与房屋承租人解除租赁关系的，或者被拆迁人对房屋承租人进行安置的，拆迁人对被拆迁人给予补偿。

被拆迁人与房屋承租人对解除租赁关系达不成协议的，拆迁人应当对被拆迁人实行房屋产权调换。产权调换的房屋由原房屋承租人承租，被拆迁人应当与原房屋承租人重新订立房屋租赁合同。

7、拆迁人应当提供符合国家质量安全标准的房屋，用于拆迁安置。

8、拆迁产权不明确的房屋，拆迁人应当提出补偿安置方案，报房屋拆迁管理部门审核同意后实施拆迁。拆迁前，拆迁人应当就被拆迁房屋的有关事项向公证机关办理证据保全。

9、拆迁设有抵押权的房屋，依照国家有关担保的法律执行。

10、拆迁人应当对被拆迁人或者房屋承租人支付搬迁补助费。

在过渡期限内，被拆迁人或者房屋承租人自行安排住处的，拆迁人应当支付临时安置补助费；被拆迁人或者房屋承租人使用拆迁人提供的周转房的，拆迁人不支付临时安置补助费。

搬迁补助费和临时安置补助费的标准，由省、自治区、直辖市人民政府规定。

11、拆迁人不得擅自延长过渡期限，周转房的使用人应当按时腾退周转房。

因拆迁人的责任延长过渡期限的，对自行安排住处的被拆迁人或者房屋承租人，应当自逾期之月起增加临时安置补助费；对周转房的使用人，应当自逾期之月起付给临时安置补助费。

12、因拆迁非住宅房屋造成停产、停业的，拆迁人应当给予适当补偿。