发票抵扣勾选操作流程如下：

1、登录增值税发票综合服务平台，选择发票抵扣勾选或批量抵扣勾选；

2、勾选需要抵扣的发票，点击提交；

3、选择抵扣勾选统计；

4、点击申请统计，系统生成抵扣发票统计表；

5、核实无误后点击确认；

6、在弹出窗口点击确定，专用发票抵扣勾选完成。

发票抵扣需要以下资料：

1、从销售方取得的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票，下同）上注明的增值税额；

2、从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；

3、购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13％的扣除率计算的进项税额；

4、从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。

法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条

税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。发票的管理办法由国务院规定。

已抵扣的发票购货方怎么开红字发票申请单

已抵扣的发票购货方开红字发票申请单方法如下：

1、购买方取得增值税专用发票已经抵扣的处理程序。销货方发生销货退回业务，需要开具红字发票时，购买方取得增值税专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，在填开《开具红字增值税专用发票信息表》时不填写相对应的蓝字增值税专用发票信息，应暂时按照《开具红字增值税专用发票信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字增值税专用发票后，与《开具红字增值税专用发票信息表》一并作为记账凭证；

2、购买方取得增值税专用发票没有抵扣的处理规则。购买方取得增值税专用发票未用于申报抵扣，但发票联或抵扣联无法退回给销售方的，购买方在填开《开具红字增值税专用发票信息表》时，应填写相对应的蓝字增值税专用发票信息；

3、销售方申请开具红字增值税专用发票的程序。销售方发生销售退回业务，且需要开具红字增值税费用发票时，应在规定的时间内向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票信息表》，并在《开具红字增值税专用发票信息表》上填写开具红字发票的原因，以及相对应蓝字增值税专用发票的信息，同时提报由购买方提供的相关方面的情况说明。